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北木

新虫 (小有名气)

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[求助] gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题

用gromacs中的ffG43a2力场，把pdb文件生成top文件时出现错误，
Fatal error:
Could only find a forcefield type for 3928 out of 5272 atoms

大家帮帮忙哈，多谢啦！
下面图片是我出错的详细信息

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1楼 2012-06-19 20:02:15

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北木

新虫 (小有名气)

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引用回帖:

4楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-19 21:20:43
恕我冒昧，在G53A6之前应该都是没有SI原子的力场的~所以之前你做的时候pdb2gmx在有硅的时候不报错应该是不正常的~不过看你最后用的是x2top,可能你自己写了itp文件，是不是忘了include“XX.itp”呢？...

没有啊，itp文件是用top文件生成的不是自己写的，我用的力场是G43a2，我之前做的都没问题的，嘿嘿