24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2308  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

北木

新虫 (小有名气)

[求助] gromacs,用pdb文件生成top文件时遇到的问题

用gromacs中的ffG43a2力场,把pdb文件生成top文件时出现错误,
Fatal error:
Could only find a forcefield type for 3928 out of 5272 atoms

大家帮帮忙哈,多谢啦!
下面图片是我出错的详细信息
回复此楼
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

北木

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-19 21:20:43
恕我冒昧,在G53A6之前应该都是没有SI原子的力场的~所以之前你做的时候pdb2gmx在有硅的时候不报错应该是不正常的~不过看你最后用的是x2top,可能你自己写了itp文件,是不是忘了include“XX.itp”呢?...

没有啊,itp文件是用top文件生成的不是自己写的,我用的力场是G43a2,我之前做的都没问题的,嘿嘿
5楼2012-06-20 08:26:06
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
北木: 金币+1 2012-06-19 20:56:07
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-20 14:12:57
你这里有力场不能识别的原子,貌似有SI?
2楼2012-06-19 20:34:22
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

北木

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-19 20:34:22
你这里有力场不能识别的原子,貌似有SI?

嗯,那个是Si硅,应该不是这个问题,以前也是这样就可以的
3楼2012-06-19 20:55:34
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-20 14:13:10
引用回帖:
3楼: Originally posted by 北木 at 2012-06-19 20:55:34
嗯,那个是Si硅,应该不是这个问题,以前也是这样就可以的...

恕我冒昧,在G53A6之前应该都是没有SI原子的力场的~所以之前你做的时候pdb2gmx在有硅的时候不报错应该是不正常的~不过看你最后用的是x2top,可能你自己写了itp文件,是不是忘了include“XX.itp”呢?
4楼2012-06-19 21:20:43
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 280求调剂 +7 李rien 2026-04-04 7/350 2026-04-07 17:33 by 蓝云思雨
[考研] 265求调剂 +17 小木虫085600 2026-04-06 19/950 2026-04-07 12:04 by Sammy2
[考研] 一志愿华东理工085601材料工程303分求调剂 +8 a1708 2026-04-06 8/400 2026-04-07 11:20 by 诗与自由
[考研] 285求调剂 +15 哦呦呼o 2026-04-04 17/850 2026-04-06 23:02 by chenzhimin
[考研] 工科 22408 267求推荐 +4 wanwan00 2026-04-05 5/250 2026-04-06 22:47 by chenzhimin
[考研] 专硕304找调剂,一线城市最好 +3 李lsl李 2026-04-05 3/150 2026-04-06 12:16 by ffffjjjj
[考研] 348求调剂 +3 车厘子zzz 2026-04-05 3/150 2026-04-05 20:30 by 啵啵啵0119
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +10 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-04 10/500 2026-04-05 18:51 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿北京交通大学材料工程总分358求调剂 +4 cs0106 2026-04-04 4/200 2026-04-05 18:46 by imissbao
[考研] 考研调剂生寻找导师 +3 顾瞻考研啊 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:18 by 啵啵啵0119
[考研] 考研生物学考A区211,初试322,科目生化和生物综合,求调剂 +6 。。。54 2026-04-03 6/300 2026-04-05 14:54 by JOKER0401
[考研] 085600调剂 +9 东照照照 2026-04-04 9/450 2026-04-05 13:44 by ujn_zhuj
[考研] 298求调剂 +5 zzz,,r 2026-04-02 8/400 2026-04-04 19:55 by 蓝云思雨
[考研] 317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂 +6 YinTai 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:30 by 无际的草原
[考研] 315求调剂 +6 顺理成张 2026-04-03 8/400 2026-04-03 14:04 by 百灵童888
[考研] 325分化学调剂 +5 15771691647 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:58 by ChemPharm
[考研] 326求调剂 +3 9ahye 2026-04-02 4/200 2026-04-03 08:43 by Jaylen.
[考研] 295求调剂 +7 愿旅途永远坦然 2026-04-02 7/350 2026-04-03 08:22 by fangshan711
[硕博家园] 博一被送出联培感觉不适应怎么办 +3 全村的狗 2026-03-31 3/150 2026-04-01 10:44 by 328838485
[考研] 322求调剂 +8 三水sss 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:19 by 唐沐儿
信息提示
请填处理意见