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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题
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北木

新虫 (小有名气)

[求助] gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题

用gromacs中的ffG43a2力场，把pdb文件生成top文件时出现错误，
Fatal error:
Could only find a forcefield type for 3928 out of 5272 atoms

大家帮帮忙哈，多谢啦！
下面图片是我出错的详细信息
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1楼 2012-06-19 20:02:15
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-20 14:13:10
引用回帖:
3楼: Originally posted by 北木 at 2012-06-19 20:55:34
嗯，那个是Si硅，应该不是这个问题，以前也是这样就可以的...

恕我冒昧，在G53A6之前应该都是没有SI原子的力场的~所以之前你做的时候pdb2gmx在有硅的时候不报错应该是不正常的~不过看你最后用的是x2top,可能你自己写了itp文件，是不是忘了include“XX.itp”呢？
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4楼2012-06-19 21:20:43
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
北木: 金币+1 2012-06-19 20:56:07
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-20 14:12:57
你这里有力场不能识别的原子，貌似有SI?
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2楼2012-06-19 20:34:22
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北木

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-19 20:34:22
你这里有力场不能识别的原子，貌似有SI?

嗯，那个是Si硅，应该不是这个问题，以前也是这样就可以的
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3楼2012-06-19 20:55:34
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北木

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-19 21:20:43
恕我冒昧，在G53A6之前应该都是没有SI原子的力场的~所以之前你做的时候pdb2gmx在有硅的时候不报错应该是不正常的~不过看你最后用的是x2top,可能你自己写了itp文件，是不是忘了include“XX.itp”呢？...

没有啊，itp文件是用top文件生成的不是自己写的，我用的力场是G43a2，我之前做的都没问题的，嘿嘿
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5楼2012-06-20 08:26:06
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