应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题
51/1返回列表
查看: 2278  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

北木

新虫 (小有名气)

[求助] gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题

用gromacs中的ffG43a2力场，把pdb文件生成top文件时出现错误，
Fatal error:
Could only find a forcefield type for 3928 out of 5272 atoms

大家帮帮忙哈，多谢啦！
下面图片是我出错的详细信息
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-19 20:02:15
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
北木: 金币+1 2012-06-19 20:56:07
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-20 14:12:57
你这里有力场不能识别的原子，貌似有SI?
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-19 20:34:22
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

北木

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-19 20:34:22
你这里有力场不能识别的原子，貌似有SI?

嗯，那个是Si硅，应该不是这个问题，以前也是这样就可以的
赞一下 回复此楼
3楼2012-06-19 20:55:34
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-20 14:13:10
引用回帖:
3楼: Originally posted by 北木 at 2012-06-19 20:55:34
嗯，那个是Si硅，应该不是这个问题，以前也是这样就可以的...

恕我冒昧，在G53A6之前应该都是没有SI原子的力场的~所以之前你做的时候pdb2gmx在有硅的时候不报错应该是不正常的~不过看你最后用的是x2top,可能你自己写了itp文件，是不是忘了include“XX.itp”呢？
赞一下 回复此楼
4楼2012-06-19 21:20:43
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

北木

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-19 21:20:43
恕我冒昧，在G53A6之前应该都是没有SI原子的力场的~所以之前你做的时候pdb2gmx在有硅的时候不报错应该是不正常的~不过看你最后用的是x2top,可能你自己写了itp文件，是不是忘了include“XX.itp”呢？...

没有啊，itp文件是用top文件生成的不是自己写的，我用的力场是G43a2，我之前做的都没问题的，嘿嘿
赞一下 回复此楼
5楼2012-06-20 08:26:06
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 北木 的主题更新
51/1返回列表
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 一志愿，福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 304求调剂 +4 ahbd 2026-03-14 4/200 2026-03-16 16:48 by 我的船我的海
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:05 by njzyff
[考研] 材料与化工专硕调剂 +3 heming3743 2026-03-16 3/150 2026-03-16 15:05 by peike
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-16 3/150 2026-03-16 10:07 by 求调剂zz
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 26考研调剂 +3 ying123. 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:18 by JourneyLucky
[考研] 材料工程,326分，求调剂 +6 KRSLSR 2026-03-10 6/300 2026-03-13 23:47 by JourneyLucky
[考研] 0805，333求调剂 +3 112253525 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:42 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 Mochaaaa 2026-03-12 7/350 2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] 290求调剂 +9 ADT 2026-03-11 9/450 2026-03-13 21:55 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交大，材料专硕317求调剂 +5 lx8568 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:43 by peike
[考研] 工科调剂 +4 Jiang191123！ 2026-03-11 4/200 2026-03-13 15:15 by Miko19
[考研] 277求调剂 +4 anchor17 2026-03-12 4/200 2026-03-13 11:15 by 白夜悠长
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生，2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
[考博] 读博申请 +5 感dd 2026-03-10 7/350 2026-03-11 17:02 by QGZDSYS
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭