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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] gromacs跑动力学时,水分子的影响

用gromacs跑动力学,溶质是带一个正电荷的季铵盐,加入反离子如F-, Cl-, Br-, 平衡后阴离子吸附在溶质分子上;当加入溶剂水以后,阴离子就扩散到水相中了,而不能吸附到溶质分子上。看了一下电荷分布,TIP3P水分子(O -8.34, H 4.17, H 4.17),溶质分子上的电荷的数值相对水的小(大都是 -0.2, 0.2, -0.1, 0.1这样的较小的数值)。这可能是导致阴离子被带有较大静电荷的水拉到水相中的原因。而我想做的恰恰是阴离子对溶质构型的影响,所以这个问题是我很伤脑筋,不知道该如何处理?曾想过改变水的电荷值,但据说水分子模型的电荷不能随便改,改了就不是水了。请问各位大侠遇到这类问题该如何处理?谢谢!
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草莓米粑

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by mengsk at 2012-06-20 19:37:33
SPCE极性更大,你这纯属灌水...

  喔~
4楼2012-06-21 08:38:49
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草莓米粑

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


御剑江湖: 金币+1, 呵呵 2012-06-20 21:08:32
换水模型试试咯,SPC/E
2楼2012-06-20 16:56:47
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mengsk

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 草莓米粑 at 2012-06-20 16:56:47
换水模型试试咯,SPC/E

SPCE极性更大,你这纯属灌水
奋斗中的小木虫
3楼2012-06-20 19:37:33
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