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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS discover时，分子跑到盒子外面了
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mxbn55

金虫 (小有名气)

[求助] MS discover时，分子跑到盒子外面了 已有4人参与

我在做水的扩散系数的分子模拟，可是水分子都跑到盒子外面了，这样对最后计算的扩散系数有影响吗？跑到外面是正确的吗？
求各位大神帮助
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1楼 2014-09-04 09:34:51
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mxbn55: 金币+10, 谢谢 2014-09-14 18:04:27
因为采取了周期性，有分子跑出去必有同样的分子跑进来，分子总数和种类是保持不变的，只是显示方式的问题，你改一下显示方式（dispaly style）就可以，改成
in cell 或者 defalt，多点点试试
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2楼2014-09-04 10:07:59
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
周期性边界条件，对结果无影响。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
3楼2014-09-04 13:33:48
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wildhoney

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
mxbn55: 金币+10, 谢谢 2014-09-14 18:04:18
该现象是使用PBC周期性处理时显示方式差异造成，对计算结果没有影响，你可以在Display Style | Lattice | Display Style中更改为 In Cell来保持所有粒子都在晶胞中。同时，如果需要在整个轨迹播放过程中都保持所有粒子位于晶胞中，还需在上述操作的基础上，勾选Animation Options中的Recalculate atom visibility every frame。
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4楼2014-09-08 09:50:23
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南楚狂人

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

肯定会有影响，建议楼主重做。尽量消除无关变量的影响。

[ 发自小木虫客户端 ]
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5楼2014-09-08 10:22:13
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mxbn55

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-09-04 13:33:48
周期性边界条件，对结果无影响。

你好，我已经设置了周期性边界条件，那就是说分子跑不跑到外面对结果没影响，那在模拟的过程中密度是否发生了改变？谢谢
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6楼2014-09-09 09:49:07
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mxbn55

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-09-04 10:07:59
因为采取了周期性，有分子跑出去必有同样的分子跑进来，分子总数和种类是保持不变的，只是显示方式的问题，你改一下显示方式（dispaly style）就可以，改成
in cell 或者 defalt，多点点试试

可是默认的就是defalt，无论是defalt或者incell，好像没什么变化啊？
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7楼2014-09-09 09:50:36
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