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mxbn55

金虫 (小有名气)

[求助] MS discover时,分子跑到盒子外面了 已有4人参与

我在做水的扩散系数的分子模拟,可是水分子都跑到盒子外面了,这样对最后计算的扩散系数有影响吗?跑到外面是正确的吗?
求各位大神帮助
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wildhoney

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
mxbn55: 金币+10, 谢谢 2014-09-14 18:04:18
该现象是使用PBC周期性处理时显示方式差异造成,对计算结果没有影响,你可以在Display Style | Lattice | Display Style中更改为 In Cell来保持所有粒子都在晶胞中。同时,如果需要在整个轨迹播放过程中都保持所有粒子位于晶胞中,还需在上述操作的基础上,勾选Animation Options中的Recalculate atom visibility every frame。
4楼2014-09-08 09:50:23
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查看全部 7 个回答

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mxbn55: 金币+10, 谢谢 2014-09-14 18:04:27
因为采取了周期性,有分子跑出去必有同样的分子跑进来,分子总数和种类是保持不变的,只是显示方式的问题,你改一下显示方式(dispaly style)就可以,改成
in cell 或者 defalt,多点点试试
2楼2014-09-04 10:07:59
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
周期性边界条件,对结果无影响。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
3楼2014-09-04 13:33:48
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南楚狂人

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

肯定会有影响,建议楼主重做。尽量消除无关变量的影响。

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2014-09-08 10:22:13
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