| 查看: 1135 | 回复: 3 | ||||
[求助]
gromacs跑动力学时，水分子的影响
|
| 用gromacs跑动力学，溶质是带一个正电荷的季铵盐，加入反离子如F-, Cl-, Br-, 平衡后阴离子吸附在溶质分子上；当加入溶剂水以后，阴离子就扩散到水相中了，而不能吸附到溶质分子上。看了一下电荷分布，TIP3P水分子（O -8.34, H 4.17, H 4.17），溶质分子上的电荷的数值相对水的小（大都是 -0.2, 0.2, -0.1, 0.1这样的较小的数值）。这可能是导致阴离子被带有较大静电荷的水拉到水相中的原因。而我想做的恰恰是阴离子对溶质构型的影响，所以这个问题是我很伤脑筋，不知道该如何处理？曾想过改变水的电荷值，但据说水分子模型的电荷不能随便改，改了就不是水了。请问各位大侠遇到这类问题该如何处理？谢谢！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Origin/Fortran |
» 猜你喜欢
323求调剂
已经有6人回复
-
一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂
已经有4人回复
-
352求调剂
已经有3人回复
-
一志愿东华大学化学070300，求调剂
已经有8人回复
-
277材料科学与工程080500求调剂
已经有7人回复
-
317求调剂
已经有18人回复
-
293求调剂
已经有5人回复
-
280分求调剂 一志愿085802
已经有7人回复
-
0854电子信息求调剂
已经有3人回复
-
263求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- MS discover时，分子跑到盒子外面了
已经有6人回复
- 用gromacs跑膜动力学
已经有3人回复
- Gromacs里关于设定水盒子形状的问题？？
已经有7人回复
- 加膜系统的蛋白动力学模拟
已经有5人回复
- gromacs 用GPU版本 跑动力学
已经有9人回复
- gromacs蛋白计算结束后老是跑出盒子
已经有19人回复
- GROMACS运行出错了，求助中
已经有15人回复
- 求助：运行了gromacs，想查看体系的总原子数和水分子数！
已经有4人回复
- GROMACS运行完后的结果分析
已经有4人回复
- 跑完Gromacs的动力学模拟之后的轨迹文件.trr里面没有内容，为什么？
已经有4人回复
- 水分子模型问题
已经有12人回复
- Namd， Gromacs 可以计算分子中电荷分布随时间的变化吗？
已经有4人回复
- Gromacs中添加CHARMM力场
已经有41人回复
- 动力学模拟水分子跑散了怎么办？水盒子严重变形，出现空洞。
已经有8人回复
- DS跑动力学，带水分子的蛋白的水需要删掉吗？
已经有8人回复
- 水分子的分子动力学模拟中水分子跑出盒子
已经有10人回复
- Gromacs动力学运行出错
已经有4人回复
- VMD怎么显示模拟盒子的边界？
已经有6人回复
- Gromacs中加入离子
已经有5人回复
- 【求助】MS如何实现水分子与SiO2反应的分子动力学模拟过程（想得到Si-OH键）？
已经有21人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【原创】在gromacs的gro中插入小分子
已经有12人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
2楼2012-06-20 16:56:47
3楼2012-06-20 19:37:33
 喔~ |
4楼2012-06-21 08:38:49
