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gromacs跑动力学时，水分子的影响
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| 用gromacs跑动力学，溶质是带一个正电荷的季铵盐，加入反离子如F-, Cl-, Br-, 平衡后阴离子吸附在溶质分子上；当加入溶剂水以后，阴离子就扩散到水相中了，而不能吸附到溶质分子上。看了一下电荷分布，TIP3P水分子（O -8.34, H 4.17, H 4.17），溶质分子上的电荷的数值相对水的小（大都是 -0.2, 0.2, -0.1, 0.1这样的较小的数值）。这可能是导致阴离子被带有较大静电荷的水拉到水相中的原因。而我想做的恰恰是阴离子对溶质构型的影响，所以这个问题是我很伤脑筋，不知道该如何处理？曾想过改变水的电荷值，但据说水分子模型的电荷不能随便改，改了就不是水了。请问各位大侠遇到这类问题该如何处理？谢谢！ |
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3楼2012-06-20 19:37:33