| 查看: 4266 | 回复: 9 | |||
[求助]
gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附
|
|
我的体系是用gromacs模拟计算荧光分子在二氧化硅表面的吸附，用ms导出pdb的文件（附件是pdb文件），用pdb2gmx处理时，出现Residue 'O' not found in residue topology database 的错误提示，我该如何修改残基文件呢？谢谢 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : si.pdb
2012-06-14 21:54:10, 65.39 K
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 高分子学习--qlh |
» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有8人回复
-
国自然评审意见
已经有17人回复
-
我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
2026年叶企孙基金
已经有7人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有13人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有14人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs模拟
已经有4人回复
- 请教GROMACS安装
已经有8人回复
- GROMACS 小分子top文件
已经有9人回复
- Gromacs中加入离子
已经有5人回复
- gromacs中文教程
已经有488人回复
- [新手求教]安装Gromacs后，查看pdb2gmx命令，显示无此命令
已经有9人回复
- 【求助】用Gromacs模拟小分子药物及一定辅料在水溶液中的形态该，该如何开始？
已经有6人回复
- 【求助】如何使用gromacs中的constraint
已经有8人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【原创】在gromacs的gro中插入小分子
已经有12人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
- 【求助】求GROMACS模拟表面活性剂在油水表面的行为的例子
已经有7人回复
 |
2楼2012-06-14 22:32:59
3楼2012-06-15 07:30:53
4楼2012-06-15 11:09:25
5楼2012-06-15 14:12:28
6楼2012-06-19 20:41:07
7楼2012-06-19 20:46:09
8楼2012-06-19 20:50:51
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-20 14:10:30
张筱宇: 金币+30, ★★★很有帮助 2012-06-20 16:25:31
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-20 14:10:30
张筱宇: 金币+30, ★★★很有帮助 2012-06-20 16:25:31
| 这个没试过，不过对于蛋白质在表面的吸附，表面一般都是固定不动的，所以，这种情况下你要是考虑各种表面内部分子键的话其实没有太大的意义，所以假设表面有3层，你需要做的就是把下面2层固定，只要有二氧化硅的坐标信息即可，然后给每个原子附上LJ参数以及带电量，我看到的文献一般处理第一层的二氧化硅原子会做不固定处理，这时才需要你说的一些键的相互作用信息。然后在.itp文件中加入键的作用信息。至于如何加，我是通过一个GMX的例子学习的，推荐你试试。http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... _protein/index.html |
9楼2012-06-20 10:51:31
yjr
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 贵宾: 0.033
- 金币: 8239.2
- 散金: 47
- 红花: 2
- 帖子: 401
- 在线: 1206.4小时
- 虫号: 770005
- 注册: 2009-05-14
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
10楼2012-07-05 10:08:13
10