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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附
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张筱宇

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附

我的体系是用gromacs模拟计算荧光分子在二氧化硅表面的吸附，用ms导出pdb的文件（附件是pdb文件），用pdb2gmx处理时，出现Residue 'O' not found in residue topology database
的错误提示，我该如何修改残基文件呢？谢谢
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  • 附件 1 : si.pdb
    • 2012-06-14 21:54:10, 65.39 K

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1楼 2012-06-14 21:56:28
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zhoucb
2楼2012-06-14 22:32:59
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-06-15 10:37:03
张筱宇: 金币+20, ★有帮助 2012-06-19 20:47:13
pdb2gmx处理时你选择的是哪个力场？
你选择的力场文件中有没有对二氧化硅的定义？

若没有
你需要添加，然后修改一致

若有，你直接把这里面的残基名与力场里修改一致即可。

具体仔细看看gromacs手册吧，手册里讲解的比任何人都详细。
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3楼2012-06-15 07:30:53
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-15 14:12:18
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-15 07:30:53
pdb2gmx处理时你选择的是哪个力场？
你选择的力场文件中有没有对二氧化硅的定义？

若没有
你需要添加，然后修改一致

若有，你直接把这里面的残基名与力场里修改一致即可。

具体仔细看看gromacs手册吧，手 ...

我估计gromacs应该没有对SiO2的定义~不过最新的g53a6有si的参数，应该还是能做出itp文件的
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4楼2012-06-15 11:09:25
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-15 19:28:24
张筱宇: 金币+30, ★有帮助 2012-06-19 20:41:44
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-15 11:09:25
我估计gromacs应该没有对SiO2的定义~不过最新的g53a6有si的参数，应该还是能做出itp文件的...

我估计也没有，
但是gromacs 和namd这两个软件方便的地方就是可以根据自己，依据要模拟的物质的力场信息，把没有的力场部分，自己编辑好了之后添加进去。从建模以及参数化来说，比lammps方便一些。
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5楼2012-06-15 14:12:28
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张筱宇

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-15 07:30:53
pdb2gmx处理时你选择的是哪个力场？
你选择的力场文件中有没有对二氧化硅的定义？

若没有
你需要添加，然后修改一致

若有，你直接把这里面的残基名与力场里修改一致即可。

具体仔细看看gromacs手册吧，手 ...

对不起，现在才回复您。我用的力场是G53a6,没有对二氧化硅残基的定义，现在就难在这里了，我该如何在力场文件中添加二氧化硅的参数呢，不知道如何修改itp和top，希望您能给建议，谢谢
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6楼2012-06-19 20:41:07
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张筱宇

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-15 11:09:25
我估计gromacs应该没有对SiO2的定义~不过最新的g53a6有si的参数，应该还是能做出itp文件的...

请问我该如何写这个itp文件呢，G53a6力场中，Bond Streching Parameters中Si-OA Force consant Kb 4.72, Ideal bond length 0.163,就是说我该怎样利用这些参数写自己的itp呢，初学gromacs，不是很懂，希望您能给些细节指导，谢谢啦
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7楼2012-06-19 20:46:09
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张筱宇

金虫 (小有名气)
内容已删除
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8楼2012-06-19 20:50:51
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草莓米粑

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-20 14:10:30
张筱宇: 金币+30, ★★★很有帮助 2012-06-20 16:25:31
这个没试过，不过对于蛋白质在表面的吸附，表面一般都是固定不动的，所以，这种情况下你要是考虑各种表面内部分子键的话其实没有太大的意义，所以假设表面有3层，你需要做的就是把下面2层固定，只要有二氧化硅的坐标信息即可，然后给每个原子附上LJ参数以及带电量，我看到的文献一般处理第一层的二氧化硅原子会做不固定处理，这时才需要你说的一些键的相互作用信息。然后在.itp文件中加入键的作用信息。至于如何加，我是通过一个GMX的例子学习的，推荐你试试。http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... _protein/index.html
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9楼2012-06-20 10:51:31
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yjr

铁杆木虫 (正式写手)
你好，我想问一下，看了您发的帖子，用的是MS建二氧化硅晶体，我想问您用的空间群以及空间参数，我在网上查了，在建二氧化硅不知道怎么建不成？
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10楼2012-07-05 10:08:13
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