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[求助]
gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附
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我的体系是用gromacs模拟计算荧光分子在二氧化硅表面的吸附，用ms导出pdb的文件（附件是pdb文件），用pdb2gmx处理时，出现Residue 'O' not found in residue topology database 的错误提示，我该如何修改残基文件呢？谢谢 |
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2012-06-14 21:54:10, 65.39 K
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 高分子学习--qlh |
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【答案】应助回帖
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chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-20 14:10:30
张筱宇: 金币+30, ★★★很有帮助 2012-06-20 16:25:31
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-20 14:10:30
张筱宇: 金币+30, ★★★很有帮助 2012-06-20 16:25:31
| 这个没试过，不过对于蛋白质在表面的吸附，表面一般都是固定不动的，所以，这种情况下你要是考虑各种表面内部分子键的话其实没有太大的意义，所以假设表面有3层，你需要做的就是把下面2层固定，只要有二氧化硅的坐标信息即可，然后给每个原子附上LJ参数以及带电量，我看到的文献一般处理第一层的二氧化硅原子会做不固定处理，这时才需要你说的一些键的相互作用信息。然后在.itp文件中加入键的作用信息。至于如何加，我是通过一个GMX的例子学习的，推荐你试试。http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... _protein/index.html |
9楼2012-06-20 10:51:31
3楼2012-06-15 07:30:53
4楼2012-06-15 11:09:25
5楼2012-06-15 14:12:28