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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附
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张筱宇

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附

我的体系是用gromacs模拟计算荧光分子在二氧化硅表面的吸附，用ms导出pdb的文件（附件是pdb文件），用pdb2gmx处理时，出现Residue 'O' not found in residue topology database
的错误提示，我该如何修改残基文件呢？谢谢
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  • 附件 1 : si.pdb
    • 2012-06-14 21:54:10, 65.39 K

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1楼2012-06-14 21:56:28
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-15 19:28:24
张筱宇: 金币+30, ★有帮助 2012-06-19 20:41:44
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-15 11:09:25
我估计gromacs应该没有对SiO2的定义~不过最新的g53a6有si的参数，应该还是能做出itp文件的...

我估计也没有，
但是gromacs 和namd这两个软件方便的地方就是可以根据自己，依据要模拟的物质的力场信息，把没有的力场部分，自己编辑好了之后添加进去。从建模以及参数化来说，比lammps方便一些。
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5楼2012-06-15 14:12:28
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-06-15 10:37:03
张筱宇: 金币+20, ★有帮助 2012-06-19 20:47:13
pdb2gmx处理时你选择的是哪个力场？
你选择的力场文件中有没有对二氧化硅的定义？

若没有
你需要添加，然后修改一致

若有，你直接把这里面的残基名与力场里修改一致即可。

具体仔细看看gromacs手册吧，手册里讲解的比任何人都详细。
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3楼2012-06-15 07:30:53
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-15 14:12:18
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-15 07:30:53
pdb2gmx处理时你选择的是哪个力场？
你选择的力场文件中有没有对二氧化硅的定义？

若没有
你需要添加，然后修改一致

若有，你直接把这里面的残基名与力场里修改一致即可。

具体仔细看看gromacs手册吧，手 ...

我估计gromacs应该没有对SiO2的定义~不过最新的g53a6有si的参数，应该还是能做出itp文件的
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4楼2012-06-15 11:09:25
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张筱宇

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-15 07:30:53
pdb2gmx处理时你选择的是哪个力场？
你选择的力场文件中有没有对二氧化硅的定义？

若没有
你需要添加，然后修改一致

若有，你直接把这里面的残基名与力场里修改一致即可。

具体仔细看看gromacs手册吧，手 ...

对不起，现在才回复您。我用的力场是G53a6,没有对二氧化硅残基的定义，现在就难在这里了，我该如何在力场文件中添加二氧化硅的参数呢，不知道如何修改itp和top，希望您能给建议，谢谢
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6楼2012-06-19 20:41:07
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