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张筱宇

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[求助] gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附

我的体系是用gromacs模拟计算荧光分子在二氧化硅表面的吸附，用ms导出pdb的文件（附件是pdb文件），用pdb2gmx处理时，出现Residue 'O' not found in residue topology database
的错误提示，我该如何修改残基文件呢？谢谢

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附件 1 : si.pdb

2012-06-14 21:54:10, 65.39 K

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1楼2012-06-14 21:56:28

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张筱宇

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引用回帖:

3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-15 07:30:53
pdb2gmx处理时你选择的是哪个力场？
你选择的力场文件中有没有对二氧化硅的定义？

若没有
你需要添加，然后修改一致

若有，你直接把这里面的残基名与力场里修改一致即可。

具体仔细看看gromacs手册吧，手 ...

对不起，现在才回复您。我用的力场是G53a6,没有对二氧化硅残基的定义，现在就难在这里了，我该如何在力场文件中添加二氧化硅的参数呢，不知道如何修改itp和top，希望您能给建议，谢谢