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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » DGGE做了两次，图片相差很大，还有空白对照也有条带。
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xiaoyujun123

铜虫 (初入文坛)

[求助] DGGE做了两次，图片相差很大，还有空白对照也有条带。

图片1和图片2是相同的样品，属于土壤DNA，只是每次跑DGGE都是重新跑的PCR。结果两次相差这么大呢。高手能不能指点一下。究竟是什么原因造成这样的。两张图片颜色很黄，背景颜色相差不是很大，染色的时候怎么去改正。或者注意哪些方面。

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1楼 2012-05-30 13:47:36
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

elbo

金虫 (小有名气)
看你PCR的目的条带亮度（也就是量）如何，另外建议纯化一下，我的PCR产物纯化和未纯化跑出来差距较大
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7楼2012-06-08 07:21:56
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普通回帖

西瓜
2楼2012-05-31 09:18:13
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-06 18:39:55
首先从跑胶的结果来看，PCR产物可能不够好。每个泳道上部都有很深的背景色。
其次，配置的DGGE凝胶每次可能会有所不同，另外电泳条件的改变特别是电泳时间的变化对电泳结果也会有一定的影响。
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3楼2012-06-01 10:30:48
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树上的鱼X

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
西瓜: 金币+2, Good！ 2012-06-06 18:40:02
你的是用的银染方法吧 第二张图条带感觉还可以 第一张图片颜色背景色偏深偏黄 应该是染色时间偏长造成的
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4楼2012-06-06 15:18:10
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侯云hy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiadongliang at 2012-06-01 10:30:48
首先从跑胶的结果来看，PCR产物可能不够好。每个泳道上部都有很深的背景色。
其次，配置的DGGE凝胶每次可能会有所不同，另外电泳条件的改变特别是电泳时间的变化对电泳结果也会有一定的影响。

你好，我也遇到相同的困难，如果说泳道颜色比较深是因为PCR不好，那该怎样优化啊？我已经做了巢式和降落了，但是还是颜色深。求指教啊。
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5楼2012-06-07 18:18:21
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侯云hy

金虫 (小有名气)
楼主，我也遇到同样的问题，你的解决了吗？
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6楼2012-06-07 18:18:47
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-08 14:14:03
引用回帖:
5楼: Originally posted by 侯云hy at 2012-06-07 18:18:21
你好，我也遇到相同的困难，如果说泳道颜色比较深是因为PCR不好，那该怎样优化啊？我已经做了巢式和降落了，但是还是颜色深。求指教啊。...

纯化下吧。
不知道你的PCR酶是什么公司的？一些小公司的酶不是太好，最好使用好一点儿的酶。虽然琼脂糖检测都是单一的条带，有的公司的酶扩增的产物电泳就是很好。
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8楼2012-06-08 13:46:48
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侯云hy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xiadongliang at 2012-06-08 13:46:48
纯化下吧。
不知道你的PCR酶是什么公司的？一些小公司的酶不是太好，最好使用好一点儿的酶。虽然琼脂糖检测都是单一的条带，有的公司的酶扩增的产物电泳就是很好。...

我用的是TAKALA 的 EX Taq酶，这个酶可以吗？你用的是哪个啊？
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9楼2012-06-09 09:45:16
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侯云hy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by elbo at 2012-06-08 07:21:56
看你PCR的目的条带亮度（也就是量）如何，另外建议纯化一下，我的PCR产物纯化和未纯化跑出来差距较大

我之前也试过纯化和未纯化的比较，差别比较大，然后我导师就不让我纯化，可是不纯化泳道颜色好深啊。你有没有遇到这种情况啊？
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10楼2012-06-09 09:46:54
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