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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PAGE跑PCR产物总是有问题~~
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yuyitt

新虫 (初入文坛)

[求助] PAGE跑PCR产物总是有问题~~

我PCR出一段具有高度变异性的片段，类似于16s rDNA，长度分别为250bp(+-20bp)及 186bp(+-20bp),PCR产物跑1.5%琼脂糖没有任何问题，但是分辨率不高，因此想跑PAGE胶查看下是否正确，但是PAGE胶跑出来却是如下，很奇怪很奇怪，这尾巴拉的太长了吧。PAGE条件是70V，1.5h，8%胶。
下面是2个PAGE图：


但是跑琼脂糖电泳就没有问题，下面是琼脂糖胶：



[ Last edited by yuyitt on 2012-5-28 at 20:54 ]
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1楼 2012-05-28 20:53:13
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yuyitt

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cxb-abc at 2012-05-29 20:39:07
琼脂糖胶拉不开距离，page胶是可以的，你P的过程中，条件有没有换？比如试剂，PCR仪？不一个批次的试剂效果不一样，不一样的PCR仪P的效果也不一样。...

如果有一点拖尾我觉得会很正常啊，但是这个本来230-270bp 的片段却跑出230-500多的条带，也有点太离谱了。。晕死了，我同一批样，从来没有换过仪器。
今天有个同学说page胶跑DNA的时候DNA都会大量残留于加样孔，据说有专门的loading buffer，但是我却没有查到这个，另外我查《精编分子生物实验手册》看到，如果有蛋白质的话，蛋白质-DNA相互作用会阻碍DNA的电泳。不着调具体是咋样的。
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7楼2012-05-30 15:51:43
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cxb-abc

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-28 21:59:08
你用什么染得色？PAGE胶的银染效果有没有试过？
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2楼2012-05-28 21:14:11
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cxb-abc

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你用什么染得色？PAGE胶的银染效果有没有试过？
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3楼2012-05-28 21:16:14
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yuyitt

新虫 (初入文坛)
西瓜: 回帖置顶 2012-05-28 21:59:20
引用回帖:
2楼: Originally posted by cxb-abc at 2012-05-28 21:14:11
你用什么染得色？PAGE胶的银染效果有没有试过？

sybr green I染色的。
关键是，marker没有任何问题，没有一点拖尾，但是PCR产物就有拖尾，很奇怪
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4楼2012-05-28 21:23:23
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