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xianzhaozhao

木虫 (小有名气)

[求助] 脾脏总RNA提取及RT-PCR

第一次接触分子试验,不顺利,说出来请大家帮忙指点一下。
我试验的目的是牛akirin 2基因克隆与表达。具体操作如下:
1,去宰牛场等着采牛脾,牛从放血后经剥皮到脾脏采出大概50分钟,拿到脾脏后用剪刀剪碎,锡箔纸包裹,迅速放于液氮中。
2.用天根 Trizol A+ 试剂盒提取脾脏总RNA,取出脾脏后敲碎,取一小块在玻璃匀浆器中加trizol匀浆,在冰上,另一种方法是加Trizol ,用电动匀浆器匀浆,其余步骤按照试剂盒步骤操作,获得总RNA。
3.将电泳槽清洗H2O2处理,让后用DEPC水处理,电泳液和胶都是DEPC处理水新配,1%的胶,电压110,时间15分钟。结果如图,貌似有两条很浅的条带,,猜测可能是rna,但是最前边有很个亮疙瘩,是不是降解了。
4.用天根的试剂盒合成CDNA第一链。
5.然后进行PCR,上游引物:5' GAATTCGTGGAAGAGTCAGACAGTGCAGG 3'
下游引物:5' GGATCCTTGGAATCAGAACTCAGTTTATG 3'
退火温度试过60,58,55,都没有目标条带出来。
我得叙述是否清楚,该实验如何进行试验改进,问题出现在哪里?请各位不吝赐教,不胜感激。
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xianzhaozhao

木虫 (小有名气)

有没有高人指点一下。多谢!
2楼2012-05-17 07:13:12
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longrna

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助,很热心哦 2012-05-17 14:29:55
RNA提取应该没什么问题。你所说的浅浅的两条带是28S\18S,最亮那条是5S。并没有很明显的降解。如有条件可测Agilent 2100看一下午RIN 值。

有两点未能确定:
1、牛脾脏RNA是否5S含量特别多。如脾脏里5S的确那么多而你又不需要那么多的5S,可以用硅胶柱结合的方式来提取-得到的5S会比异丙醇沉淀少。不过柱子纯化费用要稍高。
2、天根的kit效果能达到什么程度。
伟大航线....
3楼2012-05-17 09:16:09
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longrna

新虫 (正式写手)

另外不排除是你电泳跑的不好的原因。在marker或样品的边缘好像有一些痕迹,不知是有蛋白污染还是胶的问题,重跑或测Agilent吧
伟大航线....
4楼2012-05-17 09:18:34
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xianzhaozhao

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by longrna at 2012-05-17 09:18:34:
另外不排除是你电泳跑的不好的原因。在marker或样品的边缘好像有一些痕迹,不知是有蛋白污染还是胶的问题,重跑或测Agilent吧

感谢指点,
我不太确定牛脾脏RNA5S含量特别多,您知道有什么方法可以确定吗?
RNA 和CDNA都是用天根试剂盒做的,如果这两步问题不大的话,那么怎么调整PCR程序,请再指导一下。
5楼2012-05-19 07:19:36
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