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youngsun50

木虫 (正式写手)

[求助] 双向电泳条纹等问题求助

各位大侠,我的样品(G-细菌)裂解后经TCA丙酮沉淀处理的,复溶时大约损失了1/3,水化上样大约900ug,胶条pH3-10,24cm,如图到处都是横条纹,应该是没有聚焦完全(条件8KV,72KVh)请问
1)难道TCA丙酮沉淀除盐不彻底吗,有人说直接用超滤除盐就行不知效果如何
2)胶条pH选择问题,我的大多集中在4-8之间,太密集了,但也有的在之外,不知用重新选择吗
3)聚丙烯酰胺凝胶破碎问题,10%,操作过程中经常破碎
结果如下图,希望有做过的大侠指点一下,谢谢

+到-,pH3-10(线性),24cm
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Rubisco580

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
youngsun50: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-05-22 12:52:18
silicare: BioEPI+1, 应助指数+1 2012-05-22 15:24:14
TCA丙酮沉淀丢蛋白比较厉害,除盐效果应该还行。楼主这个上样量,我在跑的时候要聚焦10万vhrs。
超滤除盐没做过。
楼主的裂解液含盐很多吗?为什么用TCA丙酮沉淀了?没做过G-细菌,不很了解。
胶条的选择,初次跑摸条件肯定要用宽范围的,找到感兴趣的蛋白再用窄范围的。
胶破碎问题,一般情况下胶是比较有韧性的,不很容易裂,拿的时候小心就是。如果胶很脆,考虑缓冲液的pH是否正常。制备好的胶最好马上用,保存的话要保鲜膜包好,加水或者胶buffer。不包的话很快就干了。
希望对你有用。
2楼2012-05-22 10:34:52
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youngsun50

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Rubisco580 at 2012-05-22 10:34:52:
TCA丙酮沉淀丢蛋白比较厉害,除盐效果应该还行。楼主这个上样量,我在跑的时候要聚焦10万vhrs。
超滤除盐没做过。
楼主的裂解液含盐很多吗?为什么用TCA丙酮沉淀了?没做过G-细菌,不很了解。
胶条的选择,初次跑

谢谢!
10万vhrs?那你的电压是8kv吗,我用的GE系统,说用strip holder是最大电压8k。我的裂解液为尿素7M,硫脲2M,CHAPS4%,DTT65mM,未加IPG buffer; 水化液为尿素7M,硫脲2M,CHAPS4%DTT18.2mM,IPGbuffer 约1.3%。 请问那你一般怎么处理样品,不用除盐吗,我做了未除盐处理的条纹更严重,你TCA丙酮沉淀后条纹没用吗?
另我水化液中DTT,IPG buffer比规定的多些,影响大吗?
另,最后染色是一块胶一个托盘摇吗
新手问题有点多,希望不要烦啊
学会感恩,强大自我
3楼2012-05-22 12:50:50
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Rubisco580

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by youngsun50 at 2012-05-22 12:50:50:
谢谢!
10万vhrs?那你的电压是8kv吗,我用的GE系统,说用strip holder是最大电压8k。我的裂解液为尿素7M,硫脲2M,CHAPS4%,DTT65mM,未加IPG buffer; 水化液为尿素7M,硫脲2M,CHAPS4%DTT18.2mM,IPGbuffer 约1.3%

我用的也是GE系统,聚焦是1万伏,8000也用过,差不多。
我处理的样品是细胞系,PBS清洗后离心,吸干液体后倒扣在吸水纸上面一会,然后再加裂解液的。没有特别的除盐步骤。
DTT和IPG buffer加多了会影响电泳,还是悠着点。
染色的时候是一块胶一个托盘。
4楼2012-05-22 13:48:21
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youngsun50

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Rubisco580 at 2012-05-22 13:48:21:
我用的也是GE系统,聚焦是1万伏,8000也用过,差不多。
我处理的样品是细胞系,PBS清洗后离心,吸干液体后倒扣在吸水纸上面一会,然后再加裂解液的。没有特别的除盐步骤。
DTT和IPG buffer加多了会影响电泳,还是

聚焦vhrs太长没事吧,我看说明书只有30k左右?
我的菌体用10mM trish,5mM 醋酸镁清洗的
另外裂解液水化液的DTT和IPG buffer不同,最后用水化液调整各样品浓度吧,但应该最后的DTT和IPG buffer还是比规定的水化液的高吧
学会感恩,强大自我
5楼2012-05-22 14:02:39
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Rubisco580

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
youngsun50: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-06-24 12:27:58
引用回帖:
5楼: Originally posted by youngsun50 at 2012-05-22 14:02:39:
聚焦vhrs太长没事吧,我看说明书只有30k左右?
我的菌体用10mM trish,5mM 醋酸镁清洗的
另外裂解液水化液的DTT和IPG buffer不同,最后用水化液调整各样品浓度吧,但应该最后的DTT和IPG buffer还是比规定的水化液

理论上来说,聚焦时间长了会导致蛋白漂移,聚焦过度。
但你的上样量比较大。我头像就是250ug蛋白,聚焦5万vhrs银染的结果。
调样品浓度用裂解液调,水化液就管水化用。
6楼2012-05-22 15:32:24
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youngsun50

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by Rubisco580 at 2012-05-22 15:32:24:
理论上来说,聚焦时间长了会导致蛋白漂移,聚焦过度。
但你的上样量比较大。我头像就是250ug蛋白,聚焦5万vhrs银染的结果。
调样品浓度用裂解液调,水化液就管水化用。

那你最后上样样品溶液的DTT和IPG buffer就是跟裂解液一样的?
学会感恩,强大自我
7楼2012-05-22 15:36:16
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Rubisco580

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by youngsun50 at 2012-05-22 15:36:16:
那你最后上样样品溶液的DTT和IPG buffer就是跟裂解液一样的?

上样的时候用水化液啊。样品混到水化液中,总体积450ul。
样品的体积相对水化液来说较小,所以终浓度和水化液差不多。
8楼2012-05-22 16:55:59
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youngsun50

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by Rubisco580 at 2012-05-22 16:55:59:
上样的时候用水化液啊。样品混到水化液中,总体积450ul。
样品的体积相对水化液来说较小,所以终浓度和水化液差不多。

哦,那你的样品浓度应该很大啊,我的一般才7-10ug/ul,所以即使用水化稀释,其中的DTT和IPG buffer也会偏高
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9楼2012-05-22 21:22:50
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youngsun50

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by Rubisco580 at 2012-05-22 15:32:24
理论上来说,聚焦时间长了会导致蛋白漂移,聚焦过度。
但你的上样量比较大。我头像就是250ug蛋白,聚焦5万vhrs银染的结果。
调样品浓度用裂解液调,水化液就管水化用。...

你好,谢谢你上次的帮助,这次又做了一遍,还是不理想,希望你有空再指点一下:
1)我的page胶重新换了所用的母液,并且确定tris ph正确,试制了一次10%的还是容易破,试制了次12.5%(4h凝固后,没有上胶条电泳,直接拆下操作),没有破感觉韧性挺好。但到我正式做的时候(凝固过夜),用水饱和正丁醇封胶了但胶面中间高出,请问封胶时用把倒胶的凹槽处也封死吗,我之前封死也没这个影响啊,正丁醇的量没影响吧。电泳拆下后发现还是容易破,纠结啊,是不是凝固室温放置时间长了也不好啊?
2)结果不理想,还是横条纹严重,具体条件如下。
样品制备:收集菌体,10mMtris, 5mM醋酸镁洗涤,后菌体湿重300mg加入了1ml的裂解液(尿素7M,硫脲2M,CHAPS4%,DTT65mM, IPG buffer2%,并加 PMSF),超声破碎,离心18000g,1.5h,后进行了超滤除盐,大约将原盐浓度降低了100倍。定量为20ug/ul,取30ul加入了500ul水化液(尿素7M,硫脲2M,CHAPS4%,DTT18.2mM,IPGbuffer 0.5%)中,水化上样量大约500ug。
IEF条件为:30v,step,20v; 200v,grad,2h; 500v,grad,2h; 1000v,grad,5h; 10000v,grad,3h; 10000v,step,10万Vh; 1000v,step,hold。结果显示电流在聚焦10000v进行约6h后就降至了15uA,在之后的4h内电流基本未变(听工程师说电流降至20uA才算聚焦可以,之前两次都没有达到,这次至少说明除盐效果有了),我在1000v 4h之后才开始进行平衡二维电泳。电流检测(电压与设置的一样)及电泳结果如附件:
请问:为什么还有横条纹呢,是我聚焦过了吗(看说明书写聚焦过了也会产生横条纹)?10000v过高?还是1000vhold的时候有可能再次扩散了?
谢谢

电泳结果,左正右负,ph3-10,24cm,12.5%PAGE胶



电流检测结果

学会感恩,强大自我
10楼2012-06-24 12:40:53
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