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greatlse

银虫 (正式写手)

[求助] autodock rmsd计算偏大

autodock达人 小弟有个问题百思不得其解。对接后的rmsd值 都很大 20多,构象和pdb原配体相似,但是每次对接不知道如何消除配体的平动和转动对rmsd的影响 。十分感激
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

chaizhm: 编辑内容 2012-04-02 18:45
1

[ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:45 ]
2楼2012-04-02 17:23:23
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2 2012-04-03 18:37:11
chaizhm: 编辑内容 2012-04-03 18:37
AUTODOCK 对接完成后的Dlg文件中有两个 RMSD,你说的是cluster rmsd
还是 reference??
如果是前者的话,RMSD太大,估计是你的Grid box没有选择合适!
如果是后者,就不用担心,那是参考值,真实值看cluster!

[ Last edited by chaizhm on 2012-4-3 at 18:37 ]
3楼2012-04-03 15:39:35
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