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greatlse

银虫 (正式写手)

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[求助] autodock rmsd计算偏大

autodock达人小弟有个问题百思不得其解。对接后的rmsd值都很大 20多，构象和pdb原配体相似，但是每次对接不知道如何消除配体的平动和转动对rmsd的影响。十分感激

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1楼 2012-03-24 13:27:11

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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

chaizhm: 编辑内容 2012-04-02 18:45

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[ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:45 ]

2楼2012-04-02 17:23:23

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longytu

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【答案】应助回帖

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chaizhm: 金币+2 2012-04-03 18:37:11
chaizhm: 编辑内容 2012-04-03 18:37

AUTODOCK 对接完成后的Dlg文件中有两个 RMSD，你说的是cluster rmsd
还是 reference？？
如果是前者的话，RMSD太大，估计是你的Grid box没有选择合适！
如果是后者，就不用担心，那是参考值，真实值看cluster！

[ Last edited by chaizhm on 2012-4-3 at 18:37 ]

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3楼2012-04-03 15:39:35

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