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丫头good

银虫 (初入文坛)

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[求助] 土壤真菌PCR-DGGE中真菌ITS区引物的选择

本人初涉分子，要做有关土壤中真菌总菌的PCR-DGGE方面的实验，查阅了一些文献，现有几个问题向大侠们请教。
1.查阅了一些文献，看到所用真菌ITS区的引物有多种：ITS1/ITS2;ITS1/ITS4;ITS4/ITS5;ITS1-F/ITS2;ITS1-F/ITS4等。弱弱的问一句，我该怎么选择引物，这些引物在应用中有什么区别？
2.GC结构应放在上游还是下游，看文献中放在上游的也有，放在下游的也有，我该怎么选择？
谢谢大家！

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1楼2012-03-10 21:16:17

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丫头good

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 老夏853 at 2012-03-22 18:56:55:
额呵呵刚才发现你曾经给过我红花然后才看到你这个帖子
这个问题我来回答你吧，，
首先你要知道真菌引物ITS1，ITS4 扩增的是真菌核糖体间隔区its1区，5.8S，以及ITS2 区长度大概在六七百bp吧，而DGGE 适合 ...

你指的选取ITS1区和 ITS2区分别去做DGGE，那是否就是指ITS1/ITS2这对引物呢？