24小时热门版块排行榜

返回列表

本帖产生 2 个 MolEPI ，点击这里进行查看

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

孙启亮

金虫 (著名写手)

[交流] 发现了beta actin作为内参的一个漏洞

众所周知，β-actin作为基因定量或定性的内参，在PCR实验中有着广泛应用。但是小虫在对人β-actin（gene ID:60，以下简称ACTB）进行引物设计的时候，利用primer-blast对引物分析的时候发现引物除了能扩增出ACTB外，还能扩增出一个编码POTE锚蛋白域家族（gene ID：445582）的基因，于是小虫对俩基因进行了blast，结果发现ACTB cDNA全序列与POTE锚蛋白家族基因CDNA部分序列有着惊人的相似！下面是详细结果：
1.首先，ACTB和POTE锚蛋白基因ID不同，证明这完全是两个不同的基因

这是ACTB的ID

这是POTE的ID
2.其次，俩基因blast结果显示ACTB的全CDNA序列与POTE部分CDNA序列有着惊人的相似度

俩基因的blast结果
3.再次，正因为俩基因的相似，所以在对人ACTB进行引物设计的时候总是能扩增出POTE的部分片段，虽然扩增产物大小相同结构也极相似，但是由于他们是两个不同的基因，所以在已ACTB作为内参的时候实际上增加了初始模板量，这就不是对定量产生错误吗？

对我设计的人ACTB引物进行primer-blast结果，因为迫于保密，所以未上传我的引物序列

最后，基于我碰到的问题，有虫友能解释一下吗？同时因为这个问题如果得不到解释会对很多人的科研情况产生影响，所以建议版主将此帖强调一下，谢谢

[ Last edited by 孙启亮 on 2012-3-3 at 21:37 ]

回复此楼

» 抢金币啦！回帖就可以得到:
查看全部散金贴

1楼2012-03-03 21:24:53

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

decloud

木虫 (著名写手)

应助: 10 (幼儿园)
金币: 2120.5
帖子: 1020
在线: 343.8小时
虫号: 978200

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西瓜: 金币+3, Can't agree more~ 2012-03-31 16:59:28

ACTB expression might be slightly increased in cancer cells.
And for your question, i would recommend to check whether they are the same one but with different names. If not same, check about the mRNA expression of ACTB and POTE in cells. Last, you have some problem with your designed primers. PCR is very sensitive, once you design a specific primer against ACTB (100% complementary and control the length to make the primer is specifically designed)gene and well control of the PCR condition, there really should not have non specific amplification.

赞一下

回复此楼

19楼2012-03-31 12:54:25

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主孙启亮的主题更新

返回列表

24小时热门版块排行榜

孙启亮

[交流] 发现了beta actin作为内参的一个漏洞

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:查看全部散金贴

decloud

» 抢金币啦！回帖就可以得到:
查看全部散金贴