| 查看: 9462 | 回复: 25 | |||||||
| 本帖产生 2 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | |||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||||
[交流]
发现了beta actin作为内参的一个漏洞
|
|||||||
|
众所周知，β-actin作为基因定量或定性的内参，在PCR实验中有着广泛应用。但是小虫在对人β-actin（gene ID:60，以下简称ACTB）进行引物设计的时候，利用primer-blast对引物分析的时候发现引物除了能扩增出ACTB外，还能扩增出一个编码POTE锚蛋白域家族（gene ID：445582）的基因，于是小虫对俩基因进行了blast，结果发现ACTB cDNA全序列与POTE锚蛋白家族基因CDNA部分序列有着惊人的相似！下面是详细结果： 1.首先，ACTB和POTE锚蛋白基因ID不同，证明这完全是两个不同的基因  这是ACTB的ID  这是POTE的ID 2.其次，俩基因blast结果显示ACTB的全CDNA序列与POTE部分CDNA序列有着惊人的相似度  俩基因的blast结果 3.再次，正因为俩基因的相似，所以在对人ACTB进行引物设计的时候总是能扩增出POTE的部分片段，虽然扩增产物大小相同结构也极相似，但是由于他们是两个不同的基因，所以在已ACTB作为内参的时候实际上增加了初始模板量，这就不是对定量产生错误吗？  对我设计的人ACTB引物进行primer-blast结果，因为迫于保密，所以未上传我的引物序列 最后，基于我碰到的问题，有虫友能解释一下吗？同时因为这个问题如果得不到解释会对很多人的科研情况产生影响，所以建议版主将此帖强调一下，谢谢 [ Last edited by 孙启亮 on 2012-3-3 at 21:37 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 【分子生物】EPI帖 | 收藏 | 杂项 | 基因课表 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
moyun333» 猜你喜欢
筑牢营养安全线：以精准检测，护健康基石
已经有0人回复
-
推荐一些20种氨基酸检测的实际应用案例
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有152人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 发现了一个问题
已经有5人回复
- 6-epi-beta-Cubebene中的epi是什么意思
已经有3人回复
- real-time PCR内参的问题
已经有8人回复
- western blot 内参β-actin图片异常
已经有11人回复
- F-actin与β-actin
已经有9人回复
- 基因/蛋白进化过程中的相关问题！！
已经有7人回复
- Actin（内参基因）为什么叫Actin
已经有6人回复
- western 内参beta-actin条带跑不出来
已经有17人回复
- 求助F-actin和β-actin的区别
已经有12人回复
- 进化树及序列上传相关问题
已经有9人回复
- 关节炎药未来市场：生物制剂唱主角
已经有4人回复
- 和一个美国生物方向faculty聊天.
已经有23人回复
- 做生物材料 RAFT试剂中二硫酯有毒性吗
已经有5人回复
- 电子科技大学生命科学与技术学院植物分子遗传课题组招收研究生调剂信息
已经有36人回复
- Fluent能不能实现按区域计算？把左边算出的速度场作为右边的入口条件？
已经有4人回复
- arcgis中地统计模块应用的问题，DEM怎么作为第二数据集输入呢？请高人指点
已经有3人回复
- ISSR分子标记,50个品种编号重整？
已经有6人回复
- 半定量内参条带的亮度不一样，各位大侠怎么办？？？急呀！！！！！
已经有22人回复
- puc19能作为表达载体用吗/
已经有8人回复
- -NCO含量的测定
已经有14人回复
- 【求助】各位从事生物医用高分子材料的大侠们快来看看呐！！
已经有10人回复
- 【求助/交流】RT-PCR ，内参在哪个步骤添加以及marker何时使用及确定？谢谢
已经有14人回复
- 【求助/交流】primer-blast
已经有3人回复
- 【求助】-NCO的检测问题？
已经有13人回复
- 【分享】2010年复旦大学植物分子生物学暑期学校招生通知
已经有14人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
武汉纺织大学电子与电气工程学院------院长团队招聘光电、材料类博士，博士后
+1/497
-
上海交通大学医学院王戈林课题组招聘博士后和助理研究员
+1/272
-
江汉大学招聘AI for Materials/电解液/锂金属/全固态电池等方面的博士或者博士后
+1/178
-
福建师范大学柔性电子学院招收2026年博士（储能材料与柔性电子器件）
+1/85
-
澳门大学智慧城市物联网国重“结构智能感知、健康监测与无损检测”研究方向博士后招聘
+1/82
-
山东征女友，坐标济南
+1/65
-
87 年东北小哥定居苏州（沪杭亦可），诚寻携手余生的你
+1/59
-
急招碳材料相关特任研究人员/博士后/科研助理/26级博士和硕士
+1/45
-
福建师范大学柔性电子学院招收2026年博士（储能材料与柔性电子器件）
+2/32
-
南京工业大学招收2026年全日制学术博士（供热、供燃气通风与空调）
+1/14
-
中科院深圳理工大学网络课题组招聘博后/RA/实习生
+1/12
-
博士/硕士招生
+1/10
-
中国科学院苏州纳米所院士团队博士后岗位招聘
+1/5
-
诚邀加盟！青岛大学郑晓钦教授团队诚招博士研究生、博士后及青年英才
+1/5
-
中国科学院苏州纳米所院士团队博士后岗位招聘
+1/4
-
西南交通大学李义兵课题组博士及博士后招聘
+1/4
-
西交利物浦大学——全奖博士名额（基因组学方向）
+1/3
-
福州大学梁宇航副教授招收2026年申核制博士研究生/硕士研究生（理论计算方向）
+1/1
-
2026年国家级海外人才（启明计划&火炬计划）申报政策常见问题及答疑
+1/1
-
西南交通大学李义兵课题组博士及博士后招聘
+1/1
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西瓜: 金币+3, Can't agree more~ 2012-03-31 16:59:28
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西瓜: 金币+3, Can't agree more~ 2012-03-31 16:59:28
|
ACTB expression might be slightly increased in cancer cells. And for your question, i would recommend to check whether they are the same one but with different names. If not same, check about the mRNA expression of ACTB and POTE in cells. Last, you have some problem with your designed primers. PCR is very sensitive, once you design a specific primer against ACTB (100% complementary and control the length to make the primer is specifically designed)gene and well control of the PCR condition, there really should not have non specific amplification. |
19楼2012-03-31 12:54:25