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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 如何判断一段CDNA是否是完整的
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glgno1

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何判断一段CDNA是否是完整的

各位前辈好，我最近扩了一段基因序列的全长，想请教下大家如何判断该基因是否已经扩完整了，老师说开放阅读框必须是连续的，但是最近研究发现其也有开放阅读框是断断续续的，但是其它物种该基因是完整的。
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glgsno1
1楼 2012-03-03 20:21:51
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kongraty

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个还真没有做过，期待高手指点。
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很想努力上进，争取人生辉煌！
2楼2012-03-04 10:48:04
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quiller2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
cDNA？
为什么不自己分离mRNA？真核生物的mRNA不是很好分离吗？然后找到TSP，这样不就可以确定其完整性了吗？但是，是不是还有转录后修饰呢？
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致良知
3楼2012-03-04 13:58:35
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juchi_123

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木(金币+1): 鼓励应助 2012-03-05 11:09:41
是不是可以在NCBI中进行BlastP，然后看看其他物种的相关基因编码的氨基酸序列是不是和你的差不多大，如果是的话，应该就是最大的ORF。另外也存在你说另外一种情况，就是ORF是断断续续的。我们这就碰到了这个现象。
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4楼2012-03-05 00:11:44
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22148942

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木(金币+1): 鼓励应助 2012-03-05 11:09:57
1、首先要根据你了解的，预测下基因的长度，达到你预期的长度，可以用软件辅助判断。
2、把基因测序的结果放到NCBI中的OFRfinder软件中，如果结果中出现连续的、最长的一段区域，应该是一个完整的编码区。
3、单击软件中的氨基酸相关分析，可以再次与编码相关基因的氨基酸序列进行比对，进一步确定。
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5楼2012-03-05 10:52:35
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