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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 为何PCR产物测序只测一部分？
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)

meimeizhang

[求助] 为何PCR产物测序只测一部分？

想做一些看家基因分析，文献给的扩增引物和测序引物信息（位点）结果如下：
F:1162-1190      R:2126-2155  扩增产物994bp
F1:1273-1291    R1:2135-2152  测序产物879bp  实际测得540bp

问题一：为何测序只测PCR扩出来的一部分？如果本来只需这一小段的话为何不直接扩这一段？

问题二：根据测序引物的位点推测产物应该是879bp,为何实际测序结果是540bp?

很困惑，请教大虾！感激不尽！
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1楼 2012-02-22 23:06:29
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若水5886

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
小丹木木(金币+2): 鼓励应助 2012-02-24 15:18:57
首先要说明测序引物比扩增引物的要求要高，比如Tm值，GC含量，序列结构，要在保守区等，有时候设计扩增引物为了保证扩增出来的质量，不能和测序引物兼容。
其次，如果测出来的序列只有500多，那么你用扩增引物或者测序引物扩增出来的片段有多大？目标序列少很多肯定不对的
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4楼2012-02-23 10:17:25
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smilerion

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
小丹木木(金币+1): 鼓励应助 2012-02-23 08:16:07
因为扩增引物结合在模板上，测序引物是是结合在需要测序的PCR产物上的。
同时测序的结果在前100bp左右是不准的，一般不参考。
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2楼2012-02-23 02:56:50
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)

meimeizhang
引用回帖:
2楼: Originally posted by smilerion at 2012-02-23 02:56:50:
因为扩增引物结合在模板上，测序引物是是结合在需要测序的PCR产物上的。
同时测序的结果在前100bp左右是不准的，一般不参考。

你的意思我明白，可我的问题还是没有搞明白
一般PCR产物测序就直接用PCR的引物测，可它这为何是在PCR的目的产物中间选的引物来测序？
测序前100bp确实不宜参考，可我看它那差的是300多bp啊？
为什么呢？
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3楼2012-02-23 09:34:26
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宝杰罗生物

捐助贵宾 (小有名气)
你扩增的PCR产物有问题，最少也能测到900bp；测序公司没给你测完，最好重新优化条件吧。
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5楼2012-02-23 11:57:45
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