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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 过渡态消除虚频
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niuxiaoqi721

铜虫 (小有名气)

[求助] 过渡态消除虚频

过渡态收索出来以后，发现有两个虚频。一个一千多，一个一百多，怎样才能消除小的那个，看到有人用要消除的虚频*0.1-0.3加到原来的坐标上，可是不知道具体操作步骤，这里请高人指导，越详细越好。万分感谢，还有就是本人使用的是Dmol
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过渡态计算

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加油
1楼 2012-02-20 11:23:02
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
liliangfang(金币+1): 多谢指教 2012-02-20 15:04:11
论坛里有消虚频用的小软件，不过是针对Gaussian的结构，原理一样的，就是把结构稍作改动，把原来有虚频的结构对应的坐标增大或减小点（最好是观察虚频对应的振动模式后决定如何改变坐标）
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一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
2楼2012-02-20 13:50:40
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普通回帖

xiaoboy185

金虫 (正式写手)
franch(金币+2): 谢谢回帖交流。。。。 2012-02-20 21:28:01
dmol这个找过渡态感觉不太靠谱啊
最好还是用vasp吧
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3楼2012-02-20 19:13:18
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yadong80

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
WDD880227(金币+2): 感谢交流，有帮助 2012-02-21 08:37:09
你有用过TS optimization吗？这个功能就是解决你这个问题的，消除多余的虚频模，原理和二楼说的小工具差不多，只不过在MS里面自动完成了。DMol3默认情况下会自动选择频率最低的模作为由反应物指向产物的振动模，保留下来，而将其他的虚频模优化掉，当然，你也可以自己添加Key words：Opt_TS_Mode，选择需要保留的模，也就是你认为由反应物指向产物的振动模，这个模可以不是频率最低的模，譬如你提到的频率是负几十个波数的模。
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4楼2012-02-20 22:47:47
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niuxiaoqi721

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by yadong80 at 2012-02-20 22:47:47:
你有用过TS optimization吗？这个功能就是解决你这个问题的，消除多余的虚频模，原理和二楼说的小工具差不多，只不过在MS里面自动完成了。DMol3默认情况下会自动选择频率最低的模作为由反应物指向产物的振动模，保 ...

可是有人说过渡态优化不准确，有时候优化出来的结构与原来的结构差别很大
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加油
5楼2012-02-21 08:58:46
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yadong80

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

liliangfang(金币+2): 多谢回帖交流 2012-02-21 11:07:04
差别大并不能说明有问题，关键是看优化完了，是否满足唯一虚频，且其振动由反应物指向产物。我觉得你完全可以试试TS optimization，坦率地说，消虚频没有什么特别好的方法，都是按照其振动方式微调原子位置，TS optimization也基本就是这个原理，所以说某种方法更准确没什么太多道理，而且，TS optimization还方便，过渡态的优化还不比结构优化，后者是要把所有的虚频模都消掉，而过渡态还得保留你需要的虚频模，所以调整起来更麻烦。此外，过渡态结构唯一吗？算出来的唯一虚频模的频率是负1000波数，合理，如果稍微调整一下原子位置，变成负500波数也完全可能，按照我们目前判断过渡态的依据，两者都合理。
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6楼2012-02-21 10:13:34
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sch

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
WDD880227(金币+1): 感谢交流提示 2012-02-22 10:37:56
贺仪(金币+1): 谢谢参与讨论 2012-02-22 11:13:06
在你计算的Gaussian输出文件里，找到虚频为负的一百多下面的那套直角坐标，x,y,z分别*0.1-0.3（或直接）分别对应加到你原来输入文件的直角坐标上，产生一套新的坐标，作为输入文件即可。我试过，有时候管用，能消掉多余的那个虚频。
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7楼2012-02-22 10:34:40
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niuxiaoqi721

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by sch at 2012-02-22 10:34:40:
在你计算的Gaussian输出文件里，找到虚频为负的一百多下面的那套直角坐标，x,y,z分别*0.1-0.3（或直接）分别对应加到你原来输入文件的直角坐标上，产生一套新的坐标，作为输入文件即可。我试过，有时候管用，能消 ...

可我用的是Dmol啊？那怎么办
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加油
8楼2012-02-23 09:53:27
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aa644387857

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by niuxiaoqi721 at 2012-02-23 09:53:27
可我用的是Dmol啊？那怎么办...

请问楼主如何判断虚频啊？还有怎么用DMOl3计算频率啊？谢啦！！！！
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努力，奋斗
9楼2013-03-21 10:29:15
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yn1107

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yadong80 at 2012-02-21 10:13:34
差别大并不能说明有问题，关键是看优化完了，是否满足唯一虚频，且其振动由反应物指向产物。我觉得你完全可以试试TS optimization，坦率地说，消虚频没有什么特别好的方法，都是按照其振动方式微调原子位置，TS opt ...

弱弱的问一句，TS optimization该怎么用？关键词是什么？  多谢了！
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10楼2015-03-31 14:33:50
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