24小时热门版块排行榜    

查看: 5137  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

niuxiaoqi721

铜虫 (小有名气)

[求助] 过渡态消除虚频

过渡态收索出来以后,发现有两个虚频。一个一千多,一个一百多,怎样才能消除小的那个,看到有人用要消除的虚频*0.1-0.3加到原来的坐标上,可是不知道具体操作步骤,这里请高人指导,越详细越好。万分感谢,还有就是本人使用的是Dmol
回复此楼
加油
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

niuxiaoqi721

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by yadong80 at 2012-02-20 22:47:47:
你有用过TS optimization吗?这个功能就是解决你这个问题的,消除多余的虚频模,原理和二楼说的小工具差不多,只不过在MS里面自动完成了。DMol3默认情况下会自动选择频率最低的模作为由反应物指向产物的振动模,保 ...

可是有人说过渡态优化不准确,有时候优化出来的结构与原来的结构差别很大
加油
5楼2012-02-21 08:58:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
liliangfang(金币+1): 多谢指教 2012-02-20 15:04:11
论坛里有消虚频用的小软件,不过是针对Gaussian的结构,原理一样的,就是把结构稍作改动,把原来有虚频的结构对应的坐标增大或减小点(最好是观察虚频对应的振动模式后决定如何改变坐标)
一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
2楼2012-02-20 13:50:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoboy185

金虫 (正式写手)

franch(金币+2): 谢谢回帖交流。。。。 2012-02-20 21:28:01
dmol这个找过渡态感觉不太靠谱啊
最好还是用vasp吧
3楼2012-02-20 19:13:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yadong80

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
WDD880227(金币+2): 感谢交流,有帮助 2012-02-21 08:37:09
你有用过TS optimization吗?这个功能就是解决你这个问题的,消除多余的虚频模,原理和二楼说的小工具差不多,只不过在MS里面自动完成了。DMol3默认情况下会自动选择频率最低的模作为由反应物指向产物的振动模,保留下来,而将其他的虚频模优化掉,当然,你也可以自己添加Key words:Opt_TS_Mode,选择需要保留的模,也就是你认为由反应物指向产物的振动模,这个模可以不是频率最低的模,譬如你提到的频率是负几十个波数的模。
4楼2012-02-20 22:47:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学工程321分求调剂 +9 大米饭! 2026-03-15 12/600 2026-03-16 21:59 by 大米饭!
[基金申请] 国自科面上基金字体 +6 iwuli 2026-03-12 7/350 2026-03-16 21:18 by sculhf
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 20:51 by 元子^0^
[文学芳草园] 伙伴们,祝我生日快乐吧 +17 myrtle 2026-03-10 26/1300 2026-03-16 18:32 by 青橙Ln
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 304求调剂 +6 小熊joy 2026-03-14 6/300 2026-03-16 12:59 by Iveryant
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +7 Ncdx123456 2026-03-13 8/400 2026-03-16 12:15 by karry wen
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +5 薛云鹏 2026-03-15 5/250 2026-03-15 20:38 by Logic2024
[考研] 331求调剂(0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 2026考研调剂+本科延边大学+山东大学+生物化学与分子生物学+有项目经验 +3 ccdsscjy 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:12 by JourneyLucky
[考研] 341求调剂 +3 番茄头--- 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:07 by JourneyLucky
[考研] 279求调剂 +3 Dizzy123@ 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:02 by JourneyLucky
[考研] 307求调剂 +5 超级伊昂大王 2026-03-12 5/250 2026-03-13 15:56 by 棒棒球手
[考研] 295求调剂 +3 小匕仔汁 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:17 by vgtyfty
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:30 by 求调剂zz
[考研] 0817化学工程与技术考研312分调剂 +3 T123 tt 2026-03-12 3/150 2026-03-13 10:49 by houyaoxu
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
[考博] 26读博 +4 Rui135246 2026-03-12 10/500 2026-03-13 07:15 by gaobiao
[考研] 085602化工求调剂 +7 董boxing 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:07 by BruceLiu320
信息提示
请填处理意见