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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » slab表面小分子反应，如何验算过渡态的虚频？
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[求助] slab表面小分子反应，如何验算过渡态的虚频？

比如一个6层原子层的slab上表面吸附小分子。slab下部3层原子是固定的。验算虚频的时候，是不是还是固定下面三层原子，然后按照一般频率计算方法来算虚频？这样的话，可以移动的原子数在20～40左右，考虑三个自由度，及其组合，就有很多很多可能了。请问该怎么设置这样的过渡态虚频计算呢？

计算slab吸附小分子的振动时，我是固定除小分子外所有原子的，如果小分子是三原子的，就有3*3*3=27个离子步要跑了，时间上很长的。

求slab表面小分子反应的过渡态虚频计算的INCAR的和POSCAR设置方法。

[ Last edited by cenwanglai on 2011-8-16 at 00:50 ]
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1楼 2011-08-16 00:49:22
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
帮顶！没算过虚频……
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
2楼2011-08-16 08:30:13
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lgxyz

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

cenwanglai(金币+4): 谢谢回复！ 2011-08-16 16:13:13
引用回帖:
1楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-08-16 00:49:22:
比如一个6层原子层的slab上表面吸附小分子。slab下部3层原子是固定的。验算虚频的时候，是不是还是固定下面三层原子，然后按照一般频率计算方法来算虚频？这样的话，可以移动的原子数在20～40左右，考虑三个自由度 ...

就是用IBRION=5算就行了，坐标部分跟优化时一样
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3楼2011-08-16 09:24:34
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cenwanglai

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老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by lgxyz at 2011-08-16 09:24:34:
就是用IBRION=5算就行了，坐标部分跟优化时一样

我先试试看。呵呵
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4楼2011-08-16 16:21:58
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by lgxyz at 2011-08-16 09:24:34:
就是用IBRION=5算就行了，坐标部分跟优化时一样

确实是如你如说的。

我用一个CeO2晶胞(12个原子)做计算测试，固定所有Ce原子，EDIFF = 1E-5, POTIM = 0.01的时候，有24个频率项，全部都是实频，在3~17THz之间。
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5楼2011-08-21 17:22:24
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lgxyz

铜虫 (正式写手)
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-08-23 14:48:38
引用回帖:
5楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-08-21 17:22:24:
确实是如你如说的。

我用一个CeO2晶胞(12个原子)做计算测试，固定所有Ce原子，EDIFF = 1E-5, POTIM = 0.01的时候，有24个频率项，全部都是实频，在3~17THz之间。

有时在算过渡态的虚频也不只是一个，一个大的对应于反应坐标，有时也会有若干小虚频，应该是可以忽略的。本身来讲，vasp的频率分析并不是很准确，毕竟只算一个gamma点。
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6楼2011-08-23 10:46:35
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