24小时热门版块排行榜    

查看: 5789  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

niuxiaoqi721

铜虫 (小有名气)

[求助] 过渡态消除虚频

过渡态收索出来以后,发现有两个虚频。一个一千多,一个一百多,怎样才能消除小的那个,看到有人用要消除的虚频*0.1-0.3加到原来的坐标上,可是不知道具体操作步骤,这里请高人指导,越详细越好。万分感谢,还有就是本人使用的是Dmol
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

过渡态计算

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

加油
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yadong80

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

liliangfang(金币+2): 多谢回帖交流 2012-02-21 11:07:04
差别大并不能说明有问题,关键是看优化完了,是否满足唯一虚频,且其振动由反应物指向产物。我觉得你完全可以试试TS optimization,坦率地说,消虚频没有什么特别好的方法,都是按照其振动方式微调原子位置,TS optimization也基本就是这个原理,所以说某种方法更准确没什么太多道理,而且,TS optimization还方便,过渡态的优化还不比结构优化,后者是要把所有的虚频模都消掉,而过渡态还得保留你需要的虚频模,所以调整起来更麻烦。此外,过渡态结构唯一吗?算出来的唯一虚频模的频率是负1000波数,合理,如果稍微调整一下原子位置,变成负500波数也完全可能,按照我们目前判断过渡态的依据,两者都合理。
6楼2012-02-21 10:13:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
liliangfang(金币+1): 多谢指教 2012-02-20 15:04:11
论坛里有消虚频用的小软件,不过是针对Gaussian的结构,原理一样的,就是把结构稍作改动,把原来有虚频的结构对应的坐标增大或减小点(最好是观察虚频对应的振动模式后决定如何改变坐标)
一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
2楼2012-02-20 13:50:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoboy185

金虫 (正式写手)

franch(金币+2): 谢谢回帖交流。。。。 2012-02-20 21:28:01
dmol这个找过渡态感觉不太靠谱啊
最好还是用vasp吧
3楼2012-02-20 19:13:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yadong80

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
WDD880227(金币+2): 感谢交流,有帮助 2012-02-21 08:37:09
你有用过TS optimization吗?这个功能就是解决你这个问题的,消除多余的虚频模,原理和二楼说的小工具差不多,只不过在MS里面自动完成了。DMol3默认情况下会自动选择频率最低的模作为由反应物指向产物的振动模,保留下来,而将其他的虚频模优化掉,当然,你也可以自己添加Key words:Opt_TS_Mode,选择需要保留的模,也就是你认为由反应物指向产物的振动模,这个模可以不是频率最低的模,譬如你提到的频率是负几十个波数的模。
4楼2012-02-20 22:47:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 EWi2p09MOOv8 2026-08-16 3/150 2026-08-17 16:35 by CBFiACZS7HAK
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +34 医学老男孩 2026-08-13 81/4050 2026-08-17 16:20 by yudaoqian88
[博后之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 6GojgJvkDudM 2026-08-16 7/350 2026-08-17 16:14 by CBFiACZS7HAK
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +12 Ldrop2023 2026-08-13 15/750 2026-08-17 15:02 by 小豌豆_发芽
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 4/200 2026-08-17 13:49 by EYK67XJMj64E
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 i7NFEVbjQMM5 2026-08-16 4/200 2026-08-17 12:10 by 4GBAYCdVQoK3
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 4/200 2026-08-17 11:46 by 4GBAYCdVQoK3
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 3/150 2026-08-17 09:49 by xLVPIRuSvCUe
[论文投稿] 岩土工程学报什么时候才能终审完呐 25+3 yeager111 2026-08-10 4/200 2026-08-16 20:42 by tfang
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
请填处理意见