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niuxiaoqi721

铜虫 (小有名气)

[求助] 过渡态消除虚频

过渡态收索出来以后,发现有两个虚频。一个一千多,一个一百多,怎样才能消除小的那个,看到有人用要消除的虚频*0.1-0.3加到原来的坐标上,可是不知道具体操作步骤,这里请高人指导,越详细越好。万分感谢,还有就是本人使用的是Dmol
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加油
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yadong80

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

liliangfang(金币+2): 多谢回帖交流 2012-02-21 11:07:04
差别大并不能说明有问题,关键是看优化完了,是否满足唯一虚频,且其振动由反应物指向产物。我觉得你完全可以试试TS optimization,坦率地说,消虚频没有什么特别好的方法,都是按照其振动方式微调原子位置,TS optimization也基本就是这个原理,所以说某种方法更准确没什么太多道理,而且,TS optimization还方便,过渡态的优化还不比结构优化,后者是要把所有的虚频模都消掉,而过渡态还得保留你需要的虚频模,所以调整起来更麻烦。此外,过渡态结构唯一吗?算出来的唯一虚频模的频率是负1000波数,合理,如果稍微调整一下原子位置,变成负500波数也完全可能,按照我们目前判断过渡态的依据,两者都合理。
6楼2012-02-21 10:13:34
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gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
liliangfang(金币+1): 多谢指教 2012-02-20 15:04:11
论坛里有消虚频用的小软件,不过是针对Gaussian的结构,原理一样的,就是把结构稍作改动,把原来有虚频的结构对应的坐标增大或减小点(最好是观察虚频对应的振动模式后决定如何改变坐标)
一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
2楼2012-02-20 13:50:40
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xiaoboy185

金虫 (正式写手)

franch(金币+2): 谢谢回帖交流。。。。 2012-02-20 21:28:01
dmol这个找过渡态感觉不太靠谱啊
最好还是用vasp吧
3楼2012-02-20 19:13:18
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yadong80

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
WDD880227(金币+2): 感谢交流,有帮助 2012-02-21 08:37:09
你有用过TS optimization吗?这个功能就是解决你这个问题的,消除多余的虚频模,原理和二楼说的小工具差不多,只不过在MS里面自动完成了。DMol3默认情况下会自动选择频率最低的模作为由反应物指向产物的振动模,保留下来,而将其他的虚频模优化掉,当然,你也可以自己添加Key words:Opt_TS_Mode,选择需要保留的模,也就是你认为由反应物指向产物的振动模,这个模可以不是频率最低的模,譬如你提到的频率是负几十个波数的模。
4楼2012-02-20 22:47:47
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