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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 过渡态消除虚频
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niuxiaoqi721

铜虫 (小有名气)

[求助] 过渡态消除虚频

过渡态收索出来以后，发现有两个虚频。一个一千多，一个一百多，怎样才能消除小的那个，看到有人用要消除的虚频*0.1-0.3加到原来的坐标上，可是不知道具体操作步骤，这里请高人指导，越详细越好。万分感谢，还有就是本人使用的是Dmol
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加油
1楼 2012-02-20 11:23:02
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niuxiaoqi721

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by sch at 2012-02-22 10:34:40:
在你计算的Gaussian输出文件里，找到虚频为负的一百多下面的那套直角坐标，x,y,z分别*0.1-0.3（或直接）分别对应加到你原来输入文件的直角坐标上，产生一套新的坐标，作为输入文件即可。我试过，有时候管用，能消 ...

可我用的是Dmol啊？那怎么办
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加油
8楼2012-02-23 09:53:27
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gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
liliangfang(金币+1): 多谢指教 2012-02-20 15:04:11
论坛里有消虚频用的小软件，不过是针对Gaussian的结构，原理一样的，就是把结构稍作改动，把原来有虚频的结构对应的坐标增大或减小点（最好是观察虚频对应的振动模式后决定如何改变坐标）
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一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
2楼2012-02-20 13:50:40
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xiaoboy185

金虫 (正式写手)
franch(金币+2): 谢谢回帖交流。。。。 2012-02-20 21:28:01
dmol这个找过渡态感觉不太靠谱啊
最好还是用vasp吧
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3楼2012-02-20 19:13:18
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yadong80

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
WDD880227(金币+2): 感谢交流，有帮助 2012-02-21 08:37:09
你有用过TS optimization吗？这个功能就是解决你这个问题的，消除多余的虚频模，原理和二楼说的小工具差不多，只不过在MS里面自动完成了。DMol3默认情况下会自动选择频率最低的模作为由反应物指向产物的振动模，保留下来，而将其他的虚频模优化掉，当然，你也可以自己添加Key words：Opt_TS_Mode，选择需要保留的模，也就是你认为由反应物指向产物的振动模，这个模可以不是频率最低的模，譬如你提到的频率是负几十个波数的模。
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4楼2012-02-20 22:47:47
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