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求索寻觅

金虫 (小有名气)

[求助] 大家帮忙分析下双向电泳结果不好的原因(有图)

裂解液配方是:7M尿素,2M硫尿,4%CHAPS,0.3% Bio-lyte,65 mM DTT,加入了罗氏蛋白酶抑制剂。大鼠肝脏在液氮中研磨,大约0.1 g肝脏加入了1ML裂解液,然后冰浴超声了1分钟(就是放进去超声零点几秒然后拿出1秒,再放进去,搞了1分钟)。冰上裂解1h后,35000 g离心 90 min(这个转速已经是我们实验的极限了)。吸取上清做后续实验。
    测定了蛋白浓度大概为20mg/ml,水化时吸取了100ul 加入400ul 水化缓冲液(水化缓冲液配方和裂解液一致),上样450ul进行水化,我做的是24cm的胶条,ph 3-10。我做了三根胶条,2根在水化缓冲液家了DTT,第三根加了 TBP(据说TBP可以很好的解决碱性端横纹的问题)。水化了大概14h,然后进行等点聚焦。程序如下
   100v  缓慢 1h
   200v 缓慢 1h
   500v 缓慢  1h
  1000v 缓慢 1h
10000v 线性 4h
10000v 快速 100000v.H
500 v    快速  24h
   聚焦后用的gel胶为10%的,先用50v,再用200v跑完。
    结果如下图,分别为1,2,3,左边是正极端。请大家帮忙分析下原因,不甚感激。
ps:我已经做了几个月了,结果总这样差不多烂,别人论文里面也是这样,但是图谱上蛋白点多很多,也分散的均匀,实在想不明白。






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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

loop00

木虫 (小有名气)

阿凡达

【答案】应助回帖

真正的问题是,你的碱端聚焦不清晰,因为DTT会在电泳过程中迁移到pH7以下的位置,碱性端失去还原剂保护,无法清晰聚焦;
要解决这个问题,使用2mMTBP代替DTT(最小包装约1000元),或者在碱端加一片小滤纸,方法同‘盐桥’,并且在滤纸上额外滴DTT,我就是这么做的,碱端立刻清晰了,望采纳
坚强面对生活
8楼2012-09-06 10:20:14
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zjkown

木虫 (初入文坛)

碱性端聚焦不好; 100000V.H 好像有点多,可以尝试缩短聚焦V.H数。(缩短后有可能会造成酸性端又聚焦不够,所以可能需要找到平衡点)。 二向可以试试4-5%的浓缩胶+10-12%的分离胶。
2楼2011-12-22 06:44:19
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普通回帖

rinp

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
求索寻觅(金币+1): 谢谢建议。我加了罗氏的蛋白酶抑制剂,是那种片剂,能抑制多种蛋白酶的。因为加了蛋白酶抑制剂,我想应该加入核酸酶也没效果了,会被抑制,你说是吗? 2011-12-30 22:29:50
1你为什么不加蛋白酶抑制剂比如PMSF,EDTA,这可能是你蛋白损失的重要原因之一,要不就是你离心太久了,我都是20000g30min的
2 DTT有点多吧
3 为什么不加点核酸酶
4你的胶为虾米都不加marker的
海到无边天做岸山登绝顶我为峰.博士学位就是鞋里的一粒米,不拿不舒服,拿了不能吃!
3楼2011-12-22 10:03:59
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Rubisco580

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
求索寻觅(金币+1): 有帮助 我的IPG Buffer的配方和裂解液大致相同,就是我说的水化上样缓冲液,只是两性载体浓度有差别。您能不能具体给我说下,谢谢啊。 2011-12-30 22:32:29
1.裂解液水化液不加 IPGBuffer?
2.上样量怎么那么大?我做的时候上200~300 ug,聚焦50000Vhrs。只有质谱的时候才上这么大量聚焦100000 Vhrs。
3.胶条行不行?有时候差的胶条聚焦是会不好的。
希望有帮助
4楼2011-12-22 16:35:41
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求索寻觅

金虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by zjkown at 2011-12-22 06:44:19:
碱性端聚焦不好; 100000V.H 好像有点多,可以尝试缩短聚焦V.H数。(缩短后有可能会造成酸性端又聚焦不够,所以可能需要找到平衡点)。 二向可以试试4-5%的浓缩胶+10-12%的分离胶。

第二向还能再用浓缩胶吗?能不能给点这方面的资料。谢谢你的建议。
5楼2011-12-30 22:27:46
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求索寻觅

金虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by Rubisco580 at 2011-12-22 16:35:41:
1.裂解液水化液不加 IPGBuffer?
2.上样量怎么那么大?我做的时候上200~300 ug,聚焦50000Vhrs。只有质谱的时候才上这么大量聚焦100000 Vhrs。
3.胶条行不行?有时候差的胶条聚焦是会不好的。
希望有帮助

我是准备做好了就挖点做质谱的,所以想把量加大点。
我的胶条是今年上半年买的,一直放在-20度保存,应该没什么问题。想麻烦您具体说下IPG Buffer,因为以前我和师兄做植物蛋白的时候,提取的蛋白是固体,就是用buffer溶解,而现在我做的动物组织蛋白,蛋白样品是在裂解液里,是液体,所以buffer就是裂解液配方大致相同了。
6楼2011-12-30 22:36:42
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loop00

木虫 (小有名气)

阿凡达

【答案】应助回帖

其实,我想告诉你,楼上说的都不太符合你的问题哦~
坚强面对生活
7楼2012-09-06 10:16:35
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loop00

木虫 (小有名气)

阿凡达

因为DTT本身带负电荷,TBP也是还原保护剂,但是本身不带电,不会电泳;有钱的话还可以用烷基化试剂盒保护蛋白的巯基,有技术的话可以用IAA和DTT自己做烷基化,相当于试剂盒,哈哈哈,我觉得做了一年半双向,我真的有点懂了
坚强面对生活
9楼2012-09-06 10:22:29
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loop00

木虫 (小有名气)

阿凡达

再不然你试试丙酮沉淀或者CleanUp,去掉核酸、盐类、脂类的杂质
坚强面对生活
10楼2012-09-06 10:29:04
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