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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 向NCBI提交序列问题
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luoblue

金虫 (初入文坛)

[求助] 向NCBI提交序列问题

我在做植物病原真菌鉴定时，利用ITS引物扩增后克隆双向测序，将测定的序列拼接后得到新序列，在提交新序列时是否要把ITS1和ITS4引物外的碱基删去，还是将所测得所有碱基都提交。

[ Last edited by luoblue on 2011-12-6 at 21:40 ]
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加油！
1楼 2011-12-06 21:38:18
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luoblue

金虫 (初入文坛)
高手看看吧。
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加油！
2楼2011-12-06 22:11:31
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doublehelix

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

luoblue(金币+3): 2011-12-07 10:47:38
去除引物外碱基，利用seqin软件提交即可
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3楼2011-12-06 23:30:58
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luoblue

金虫 (初入文坛)
删去引物外的碱基提交，那么大家提交的序列如果是同一个种的真菌用同一引物扩增后测序的序列长度应该是一样，为什么在基因库中的序列长短不一呢？
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加油！
4楼2011-12-07 10:45:48
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doublehelix

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
西瓜(金币+1): 鼓励应助哦 2011-12-08 19:07:02
引用回帖:
4楼: Originally posted by luoblue at 2011-12-07 10:45:48:
删去引物外的碱基提交，那么大家提交的序列如果是同一个种的真菌用同一引物扩增后测序的序列长度应该是一样，为什么在基因库中的序列长短不一呢？

同种同一基因序列长度应该是一样的，有一种可能：genbank中有些基因登录不全，所以造成长度不一，，，
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5楼2011-12-07 11:53:57
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luoblue

金虫 (初入文坛)
luoblue: 回帖置顶 2011-12-07 20:31:47
谢谢你的回复，我也是这么想得，我问过一些人他们提交序列时把所测得的所有碱基序列都提交了，所以一直有些困惑。
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加油！
6楼2011-12-07 19:56:05
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jizheng1103

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

可以将你的全部序列都提交~不过有时候NCBI会要你的引物序列~这个比较麻烦
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7楼2011-12-08 14:14:18
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foxcl

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

我是提交引物+目的序列的。
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8楼2012-10-20 00:35:34
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未来幻想66
9楼2014-01-11 19:11:29
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