24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

cpuzzx

铜虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 88.4
散金: 10
帖子: 40
在线: 12.3小时
虫号: 967629
注册: 2010-03-11
专业: 药物设计与药物信息

[求助] 同源模建求助

我现在构建一个蛋白的模型，用DS数据库中没搜索到合适的模板，后采用threader的方法（在linux操作系统下）找到模板，想把threader中的alignment导到DS中protocol-protein modeling- build homology models版块中进行建模，不知道这样做合不合适，怎样把这个threader的比对文件导入DS中进行建模，建模过程中需要注意哪些问题，还请各位虫友帮忙

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

求助！！怎样找同源蛋白！！已经有7人回复
同源模建求助！已经有4人回复
求助预测目的蛋白与某一蛋白相互作用位点使用什么软件或在线工具啊？已经有10人回复
求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？已经有12人回复
Amber 分子动力学求助！！！！已经有10人回复
蛋白质同源模建求助！已经有6人回复
蛋白同源模建之后能量最小化问题已经有9人回复
同源模型的建立已经有8人回复
swiss-model 模建已经有4人回复
同源建模之----分别建模已经有7人回复
求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢已经有11人回复
同源建模，希望建的蛋白质结构，N端和C端分别使用不同的蛋白模版，请教已经有11人回复
同源模建，模板如何选择已经有3人回复
【求助】在swiss model 同源建模以后得到的结果怎么分析已经有8人回复
【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？已经有7人回复
【讨论】分子模拟还是同源建模已经有16人回复
【求助】modeller同源建模结果选择已经有10人回复
【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖已经有35人回复
【求助】求助关于同源模建的问题已经有5人回复
【分享】非常好的 Autodock/Vina plugin for PyMOL 已经有8人回复
【求助】modeller 的 lisence key ？已经有7人回复

1楼 2011-11-30 19:58:37

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

cpuzzx

铜虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 88.4
散金: 10
帖子: 40
在线: 12.3小时
虫号: 967629
注册: 2010-03-11
专业: 药物设计与药物信息

引用回帖:

2楼: Originally posted by 景宿 at 2011-12-01 14:36:18:
我用的是XP版的，我直接是blast选择最合适的序列（在pdb数据库中），你试过这个吗？DS直接可以复制序列进去的，然后可以通过align 来对比然后进行模建。希望对你有用

之前就用Blast搜索过模板,没找到合适的模板,所以选择threader的方法找模板，打算采用comparative modeling 的方法用modeller的方法构建模型。DS中整合modeller板块，所以想用DS构建模型，我下载过模板的PDB文件，在DS中进行序列比对，发现identity 和similarity 都很低，构建的模型经profile -3D 评价打分很低，我想把threader 中的比对文件导入DS 中进行建模，不知道这个方法行不行，怎么做。不过还是感谢您

赞一下

回复此楼

3楼2011-12-01 15:55:32

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 3 个回答

景宿

铜虫 (小有名气)

应助: 9 (幼儿园)
金币: 31.6
散金: 40
帖子: 147
在线: 54.2小时
虫号: 855358
注册: 2009-09-24
性别: GG
专业: 药物设计与药物信息

【答案】应助回帖

★
chaizhm(金币+1): 谢谢 2011-12-01 14:40:51

我用的是XP版的，我直接是blast选择最合适的序列（在pdb数据库中），你试过这个吗？DS直接可以复制序列进去的，然后可以通过align 来对比然后进行模建。希望对你有用

赞一下(1人)

回复此楼

2楼2011-12-01 14:36:18

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 3 个回答