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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 蛋白/酶 » 求助预测目的蛋白与某一蛋白相互作用位点使用什么软件或在线工具啊？
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)

[求助] 求助预测目的蛋白与某一蛋白相互作用位点使用什么软件或在线工具啊？ 已有2人参与

求助预测目的蛋白与某一蛋白相互作用位点使用什么软件或在线工具啊？   愿追加金币！
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1楼 2014-05-30 00:06:13
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lpzl

木虫 (正式写手)
同求。
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Start_everyday_with_a_new_hope,_leave_bad_memories...
2楼2014-05-30 09:55:44
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)
顶

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-05-30 15:25:19
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BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuguiyan: 金币+2, ★有帮助 2014-06-01 07:08:14
同求。
楼主是不是已经验证过蛋白A与蛋白B相互作用了，然后想知道蛋白A或者蛋白B的哪一部分是相互作用的位点？
我们的策略是将蛋白的不同结构域分段克隆，检测相互作用。
我倒是觉得预测的意义不大，即使你预测到了还是要做实验验证，不如直接用实验得了，这些实验着实不难。
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4楼2014-05-31 18:49:47
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
4楼: Originally posted by BioChen at 2014-05-31 18:49:47
同求。
楼主是不是已经验证过蛋白A与蛋白B相互作用了，然后想知道蛋白A或者蛋白B的哪一部分是相互作用的位点？
我们的策略是将蛋白的不同结构域分段克隆，检测相互作用。
我倒是觉得预测的意义不大，即使你预测到 ...

唉，这个是老师要求的，我也木有办法啊

[ 发自小木虫客户端 ]
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5楼2014-05-31 19:20:18
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BioChen

银虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yuguiyan at 2014-05-31 19:20:18
唉，这个是老师要求的，我也木有办法啊
...

多跟老师交流下吧，老师的某些要求或许只是投石问路，如果路不好走，建议换路。
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6楼2014-05-31 19:47:24
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuguiyan: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-06-01 07:07:57
好像没有哪个软件可以实现这种功能！有一种算法是预测两个蛋白相互作用的，叫“协同进化”（co-evolution），有一篇综述说这个算法，Emerging methods in protein co-evolution，你可以看看，需要有一定的数学基础才能看得懂。一般蛋白与蛋白相互作用其实是蛋白结构域和蛋白结构域的相互作用，可以看看两个蛋白有没有已经报道过的结构域，然后以此推测相互作用。
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7楼2014-05-31 21:21:27
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liuderong at 2014-05-31 21:21:27
好像没有哪个软件可以实现这种功能！有一种算法是预测两个蛋白相互作用的，叫“协同进化”（co-evolution），有一篇综述说这个算法，Emerging methods in protein co-evolution，你可以看看，需要有一定的数学基础才 ...

多谢啦！

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8楼2014-05-31 21:28:12
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sylar1022

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by BioChen at 2014-05-31 18:49:47
同求。
楼主是不是已经验证过蛋白A与蛋白B相互作用了，然后想知道蛋白A或者蛋白B的哪一部分是相互作用的位点？
我们的策略是将蛋白的不同结构域分段克隆，检测相互作用。
我倒是觉得预测的意义不大，即使你预测到 ...

单独克隆某些结构域也不太靠谱吧? 说不定要形成特定三四级结构才能互作吧…

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9楼2014-06-01 23:43:19
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BioChen

银虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by sylar1022 at 2014-06-01 23:43:19
单独克隆某些结构域也不太靠谱吧? 说不定要形成特定三四级结构才能互作吧…
...

结构域属于几级结构？
如果不放心，可以采用减法，假设某蛋白有4个结构域，构建4个只有3个结构域的融合表达蛋白，分析相互作用。
真实世界很难直接研究，我们必须懂得抽象，简化，建模，以降低研究的复杂度。
您的生物知识不在我之下，可以多读读科学哲学一类的书籍，您会对科研有更深的理解。
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10楼2014-06-02 07:29:40
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