24小时热门版块排行榜    

查看: 595  |  回复: 2

cpuzzx

铜虫 (初入文坛)

[求助] 同源模建求助

我现在构建一个蛋白的模型,用DS数据库中没搜索到合适的模板,后采用threader的方法(在linux操作系统下)找到模板,想把threader中的alignment导到DS中protocol-protein modeling- build homology models版块中进行建模,不知道这样做合不合适,怎样把这个threader的比对文件导入DS中进行建模,建模过程中需要注意哪些问题,还请各位虫友帮忙
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

景宿

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


chaizhm(金币+1): 谢谢 2011-12-01 14:40:51
我用的是XP版的,我直接是blast选择最合适的序列(在pdb数据库中),你试过这个吗?DS直接可以复制序列进去的,然后可以通过align 来对比然后进行模建。希望对你有用
2楼2011-12-01 14:36:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cpuzzx

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 景宿 at 2011-12-01 14:36:18:
我用的是XP版的,我直接是blast选择最合适的序列(在pdb数据库中),你试过这个吗?DS直接可以复制序列进去的,然后可以通过align 来对比然后进行模建。希望对你有用

之前就用Blast搜索过模板,没找到合适的模板,所以选择threader的方法找模板,打算采用comparative modeling 的方法用modeller的方法构建模型。DS中整合modeller板块,所以想用DS构建模型,我下载过模板的PDB文件,在DS中进行序列比对,发现identity 和similarity 都很低,构建的模型经profile -3D 评价打分很低,我想把threader 中的比对文件导入DS 中进行建模,不知道这个方法行不行,怎么做。不过还是感谢您
3楼2011-12-01 15:55:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cpuzzx 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +3 工厂打螺丝 2026-08-08 3/150 2026-08-11 13:42 by 会议编辑
[基金申请] FileCode能看出啥? +7 要乐观耀哥 2026-08-10 17/850 2026-08-11 10:50 by 要乐观耀哥
[基金申请] filecode +9 documentary 2026-08-10 9/450 2026-08-11 10:08 by wk7465
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +8 家与远方 2026-08-10 13/650 2026-08-11 09:49 by 家与远方
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 好奇怪的filecode +4 布布和一二 2026-08-08 5/250 2026-08-10 14:20 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
信息提示
请填处理意见