24小时热门版块排行榜    

查看: 645  |  回复: 2

cpuzzx

铜虫 (初入文坛)

[求助] 同源模建求助

我现在构建一个蛋白的模型,用DS数据库中没搜索到合适的模板,后采用threader的方法(在linux操作系统下)找到模板,想把threader中的alignment导到DS中protocol-protein modeling- build homology models版块中进行建模,不知道这样做合不合适,怎样把这个threader的比对文件导入DS中进行建模,建模过程中需要注意哪些问题,还请各位虫友帮忙
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

景宿

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm(金币+1): 谢谢 2011-12-01 14:40:51
我用的是XP版的,我直接是blast选择最合适的序列(在pdb数据库中),你试过这个吗?DS直接可以复制序列进去的,然后可以通过align 来对比然后进行模建。希望对你有用
2楼2011-12-01 14:36:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cpuzzx

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 景宿 at 2011-12-01 14:36:18:
我用的是XP版的,我直接是blast选择最合适的序列(在pdb数据库中),你试过这个吗?DS直接可以复制序列进去的,然后可以通过align 来对比然后进行模建。希望对你有用

之前就用Blast搜索过模板,没找到合适的模板,所以选择threader的方法找模板,打算采用comparative modeling 的方法用modeller的方法构建模型。DS中整合modeller板块,所以想用DS构建模型,我下载过模板的PDB文件,在DS中进行序列比对,发现identity 和similarity 都很低,构建的模型经profile -3D 评价打分很低,我想把threader 中的比对文件导入DS 中进行建模,不知道这个方法行不行,怎么做。不过还是感谢您
3楼2011-12-01 15:55:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cpuzzx 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 14/700 2026-11-01 11:33 by Equinoxhua
[基金申请] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-01 11:09 by BCdvBAEpt3zm
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 4/200 2026-11-01 11:01 by BCdvBAEpt3zm
[考研] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 9/450 2026-11-01 10:56 by BCdvBAEpt3zm
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 6/300 2026-11-01 10:53 by BCdvBAEpt3zm
[博后之家] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 7/350 2026-11-01 10:48 by BCdvBAEpt3zm
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 26/1300 2026-11-01 10:22 by BCdvBAEpt3zm
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 21/1050 2026-11-01 06:46 by YXM1FDCSE8Bn
[基金申请] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 21/1050 2026-11-01 06:46 by YXM1FDCSE8Bn
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 6/300 2026-11-01 05:41 by YXM1FDCSE8Bn
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 6/300 2026-11-01 05:41 by YXM1FDCSE8Bn
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 7/350 2026-11-01 04:04 by YXM1FDCSE8Bn
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 3/150 2026-11-01 04:04 by YXM1FDCSE8Bn
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 8/400 2026-11-01 03:59 by YXM1FDCSE8Bn
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 5/250 2026-11-01 02:25 by YXM1FDCSE8Bn
[考研] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 12/600 2026-11-01 02:19 by YXM1FDCSE8Bn
[考博] 2027博士申请-临床检验诊断学、病原生物学、微生物方向 50+3 yyh@ 2026-10-28 4/200 2026-10-31 12:47 by 可淡不可忘
[硕博家园] 申博自荐 2篇一区TOP+1篇EI+2公开发明专利 2027博士申请 +3 小小阿光 2026-10-27 3/150 2026-10-29 23:56 by 起风了的快乐
[文学芳草园] 闲聊 +3 myrtle 2026-10-25 6/300 2026-10-29 15:28 by myrtle
[考博] 申博求助 20+3 Katrinae 2026-10-26 4/200 2026-10-27 09:56 by 北京莱茵编辑
信息提示
请填处理意见