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cpuzzx

铜虫 (初入文坛)

[求助] 同源模建求助

我现在构建一个蛋白的模型,用DS数据库中没搜索到合适的模板,后采用threader的方法(在linux操作系统下)找到模板,想把threader中的alignment导到DS中protocol-protein modeling- build homology models版块中进行建模,不知道这样做合不合适,怎样把这个threader的比对文件导入DS中进行建模,建模过程中需要注意哪些问题,还请各位虫友帮忙
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景宿

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


chaizhm(金币+1): 谢谢 2011-12-01 14:40:51
我用的是XP版的,我直接是blast选择最合适的序列(在pdb数据库中),你试过这个吗?DS直接可以复制序列进去的,然后可以通过align 来对比然后进行模建。希望对你有用
2楼2011-12-01 14:36:18
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cpuzzx

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 景宿 at 2011-12-01 14:36:18:
我用的是XP版的,我直接是blast选择最合适的序列(在pdb数据库中),你试过这个吗?DS直接可以复制序列进去的,然后可以通过align 来对比然后进行模建。希望对你有用

之前就用Blast搜索过模板,没找到合适的模板,所以选择threader的方法找模板,打算采用comparative modeling 的方法用modeller的方法构建模型。DS中整合modeller板块,所以想用DS构建模型,我下载过模板的PDB文件,在DS中进行序列比对,发现identity 和similarity 都很低,构建的模型经profile -3D 评价打分很低,我想把threader 中的比对文件导入DS 中进行建模,不知道这个方法行不行,怎么做。不过还是感谢您
3楼2011-12-01 15:55:32
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