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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】求助关于同源模建的问题
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345320587

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】求助关于同源模建的问题 已有3人参与

现在在做一个蛋白分子的同源模建，模版就是其本身，只不过在N端缺失了约40个氨基酸，现在想把它补齐
现在我对其直接进行比对并进行同源模建的话，但是在分子动力学模拟的过程中，由于40个氨基酸算组成的肽链很长，N端经常性的伸出水盒，与其他镜像中的构象相互作用，导致结果不准确，而如果先用GB水模型进行模拟的话，GB的结果又不够精确，请问有什么办法吗？现在做的好几个蛋白都存在这样的问题，偏偏N端的40个氨基酸还非常重要，不能直接舍去。。。请问大家遇见这样的问题是如何解决的？
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1楼 2010-09-02 08:47:37
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-02 09:12:42
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Originally posted by 345320587 at 2010-09-02 08:47:37:
现在在做一个蛋白分子的同源模建，模版就是其本身，只不过在N端缺失了约40个氨基酸，现在想把它补齐
现在我对其直接进行比对并进行同源模建的话，但是在分子动力学模拟的过程中，由于40个氨基酸算组成的肽链很长 ...

不知道以自身为模板是个什么意思？缺失的氨基酸可以用穿针法补齐，这个版块里有个帖子有人说
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2楼2010-09-02 08:50:40
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345320587

银虫 (初入文坛)
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Originally posted by 345320587 at 2010-09-02 08:47:37:
现在在做一个蛋白分子的同源模建，模版就是其本身，只不过在N端缺失了约40个氨基酸，现在想把它补齐
现在我对其直接进行比对并进行同源模建的话，但是在分子动力学模拟的过程中，由于40个氨基酸算组成的肽链很长 ...

意思就是说 这个蛋白在PDB是有结构的 但是只有41-350位氨基酸有结构 1-40位氨基酸的结构是缺失的 在结晶之前就切掉了 所以现在想将它补齐 做一个完整的结构
刚才在站内搜了一下穿针法 没有找到 请问仁兄能把帖子的链接给我看一下吗 非常感谢~
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3楼2010-09-02 13:21:16
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
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引用回帖:
Originally posted by 345320587 at 2010-09-02 13:21:16:


意思就是说 这个蛋白在PDB是有结构的 但是只有41-350位氨基酸有结构 1-40位氨基酸的结构是缺失的 在结晶之前就切掉了 所以现在想将它补齐 做一个完整的结构
刚才在站内搜了一下穿针法 没有找到 请问仁兄能把 ...

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2101065
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4楼2010-09-02 16:45:04
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ferlich

禁虫 (小有名气)
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5楼2010-09-02 17:19:04
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345320587

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-02 16:45:04:

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2101065

呵呵 都看过的 40个氨基酸基本上没有同源蛋白 最多的也就6 7个蛋白相似 没有太大的意义 所以才只能手动加上这些氨基酸进行分子动力学模拟
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6楼2010-09-03 09:22:54
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