应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】求助关于同源模建的问题
51/1返回列表
查看: 1043  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

345320587

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】求助关于同源模建的问题 已有3人参与

现在在做一个蛋白分子的同源模建，模版就是其本身，只不过在N端缺失了约40个氨基酸，现在想把它补齐
现在我对其直接进行比对并进行同源模建的话，但是在分子动力学模拟的过程中，由于40个氨基酸算组成的肽链很长，N端经常性的伸出水盒，与其他镜像中的构象相互作用，导致结果不准确，而如果先用GB水模型进行模拟的话，GB的结果又不够精确，请问有什么办法吗？现在做的好几个蛋白都存在这样的问题，偏偏N端的40个氨基酸还非常重要，不能直接舍去。。。请问大家遇见这样的问题是如何解决的？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-09-02 08:47:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
本帖内容被屏蔽
5楼2010-09-02 17:19:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-02 09:12:42
引用回帖:
Originally posted by 345320587 at 2010-09-02 08:47:37:
现在在做一个蛋白分子的同源模建，模版就是其本身，只不过在N端缺失了约40个氨基酸，现在想把它补齐
现在我对其直接进行比对并进行同源模建的话，但是在分子动力学模拟的过程中，由于40个氨基酸算组成的肽链很长 ...

不知道以自身为模板是个什么意思？缺失的氨基酸可以用穿针法补齐，这个版块里有个帖子有人说
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-09-02 08:50:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

345320587

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 345320587 at 2010-09-02 08:47:37:
现在在做一个蛋白分子的同源模建，模版就是其本身，只不过在N端缺失了约40个氨基酸，现在想把它补齐
现在我对其直接进行比对并进行同源模建的话，但是在分子动力学模拟的过程中，由于40个氨基酸算组成的肽链很长 ...

意思就是说 这个蛋白在PDB是有结构的 但是只有41-350位氨基酸有结构 1-40位氨基酸的结构是缺失的 在结晶之前就切掉了 所以现在想将它补齐 做一个完整的结构
刚才在站内搜了一下穿针法 没有找到 请问仁兄能把帖子的链接给我看一下吗 非常感谢~
赞一下 回复此楼
3楼2010-09-02 13:21:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 345320587 at 2010-09-02 13:21:16:


意思就是说 这个蛋白在PDB是有结构的 但是只有41-350位氨基酸有结构 1-40位氨基酸的结构是缺失的 在结晶之前就切掉了 所以现在想将它补齐 做一个完整的结构
刚才在站内搜了一下穿针法 没有找到 请问仁兄能把 ...

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2101065
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-09-02 16:45:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭