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【求助】求助关于同源模建的问题 已有3人参与
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现在在做一个蛋白分子的同源模建，模版就是其本身，只不过在N端缺失了约40个氨基酸，现在想把它补齐 现在我对其直接进行比对并进行同源模建的话，但是在分子动力学模拟的过程中，由于40个氨基酸算组成的肽链很长，N端经常性的伸出水盒，与其他镜像中的构象相互作用，导致结果不准确，而如果先用GB水模型进行模拟的话，GB的结果又不够精确，请问有什么办法吗？现在做的好几个蛋白都存在这样的问题，偏偏N端的40个氨基酸还非常重要，不能直接舍去。。。请问大家遇见这样的问题是如何解决的？ |
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