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syn1985

木虫 (正式写手)

[求助] 做过overlap PCR的虫子过来看看

我准备用in-frame deletion 做基因敲除 里面有一步是需要用overlap PCR扩增片段用以构建敲除质粒 我看PROTOCOL FOR IN-FRAME DELETION MUTAGENESIS
(A. Beliaev, S.B. Reed, D. Stanek, D. Saffarini, M. Romine)里面介绍的时候说overlap PCR的引物设计时需要加一个tag,就是扩增的两个片段有一块是互补的,上面指写了要小于21bp,那这段序列应该是自己在设计引物加上去的,可这段序列是自己随便编一段,还是有设计依据的啊?困惑中......
PS 我不需要在这段里面加入酶切位点
谢谢各位虫子 小女子在此谢过
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syn1985

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by mytkkxx at 2011-11-21 22:55:46:
如果它们两个是方向互补的,那引物碱基序列就只有一种可能了,就是两个片段融合的部位,第一个片段最后面20nt加第二个片段最前面20nt,不是随便列一个aggta什么的
可以看下这篇文章Fusion PCR and gene targetin ...

谢谢啦 我先看看文章 不懂得再问你哈 麻烦了
7楼2011-11-22 10:13:50
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mytkkxx

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
amisking(金币+2): 鼓励发帖交流。 2011-11-21 18:35:40
syn1985(金币+20): 5 2011-11-21 21:37:54
wanhscn(金币+5): Good! 2011-11-21 23:09:13
西瓜(MolEPI+1): Good!补上EPI! 2011-11-22 18:01:43
前不久做了下,这个不是随便加的,如果要将两个片段融合起来,那么在设计前面片段的反向引物的时候在5'端加上后面片段开始的碱基序列,大概20nt就可以了,同理在后面片段的正向引物5'端加上前面片段20nt左右。也就是说中间两个引物是反向互补的,40nt左右,也就是重叠PCR中重叠的部分
2楼2011-11-21 18:30:38
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syn1985

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by mytkkxx at 2011-11-21 18:30:38:
前不久做了下,这个不是随便加的,如果要将两个片段融合起来,那么在设计前面片段的反向引物的时候在5'端加上后面片段开始的碱基序列,大概20nt就可以了,同理在后面片段的正向引物5'端加上前面片段20nt左右。也就 ...

我知道这两段片段是需要互补的  但这片段那几么多碱基怎么设计呢
3楼2011-11-21 18:33:14
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


wanhscn(金币+1): 鼓励应助! 2011-11-21 23:09:25
引用回帖:
2楼: Originally posted by mytkkxx at 2011-11-21 18:30:38:
前不久做了下,这个不是随便加的,如果要将两个片段融合起来,那么在设计前面片段的反向引物的时候在5'端加上后面片段开始的碱基序列,大概20nt就可以了,同理在后面片段的正向引物5'端加上前面片段20nt左右。也就 ...

同意mytkkxx ,同时两个片段长度可达至相近。

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jiayoubashaonian
4楼2011-11-21 19:03:25
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