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树宝宝zyx

新虫 (小有名气)

[求助] PCR产物凝胶回收、酶切等问题请教

我提取的基因组DNA做的PCR,产物跑电泳条带偶尔出现比较亮和粗的。同样的平行试验效果也经常不太一样。我割胶切下来后收集了多次才用试剂盒做的回收,得到的回收产物DNA量还是比较少的,跑了电泳有条带,就是比较淡,见图1.取了其中2个样品的回收产物做了酶切,用的是MspI和RsuRI 在37°C水浴反应了6个小时。并没有得到预先的多个条带,见图2,前2个是酶切反应后结果,第三个是MARKER

图1



图2
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科研真辛苦!
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树宝宝zyx

新虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by mamadexiao at 2011-11-12 21:28:36:
嗯,有个问题,你酶切前后片段差多少
另外,你的条带这么散,你怎么确定就是你要的大小
还有你的marker是多大的

建议,要是第一次PCR得到的产物丰度较低,建议可以把这个产物做模板,回收,纯化后,再次PCR
...

还有请问下我把PCR产物做胶回收纯化以后再做PCR,可以直接酶切吗,还是需要再胶回收纯化再做酶切?
科研真辛苦!
5楼2011-11-14 19:40:16
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mamadexiao

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
树宝宝zyx(金币+10): 谢谢你,说得很详细! 2011-11-14 09:54:15
wanhscn(金币+4): good!再接再厉! 2011-11-14 16:38:30
嗯,有个问题,你酶切前后片段差多少
另外,你的条带这么散,你怎么确定就是你要的大小
还有你的marker是多大的

建议,要是第一次PCR得到的产物丰度较低,建议可以把这个产物做模板,回收,纯化后,再次PCR
然后双酶切
双酶切,我一般做3小时
然后双酶切 的结果跑电泳时,建议带上原来的回收PCR产物,这样有个对照 (如果前后差的碱基数多的话,少了跑普通琼脂糖一般分不开)
然后,如果片段比较小的话,建议加大琼脂糖浓度。。。
延长跑胶时间,MARKER都没分开,说不清楚。

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3楼2011-11-12 21:28:36
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树宝宝zyx

新虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by mamadexiao at 2011-11-12 21:28:36:
嗯,有个问题,你酶切前后片段差多少
另外,你的条带这么散,你怎么确定就是你要的大小
还有你的marker是多大的

建议,要是第一次PCR得到的产物丰度较低,建议可以把这个产物做模板,回收,纯化后,再次PCR
...

我切的是基因组DNA,用16SrDNA因为做的PCR,扩增片段大概是1.5KB,我是做微生物多样性的。没有测序我也不知道里面的具体碱基啊,所以也不知道具体的酶切位点,选择的引物和酶是看的文献。我现在只要看我的酶切是否成功,就可以送出去做毛细管电泳得到里面微生物的多样性图谱。我先根据你提的第一条建议再做个PCR吧,看看能不能扩增出量多一点,现在量不够还是个问题,解决了才好做酶切,之前我做的酶切模板总是达不到说明书上的要求。
科研真辛苦!
4楼2011-11-14 10:02:20
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Arrennew

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

树宝宝zyx(金币+10): 2011-11-25 16:17:40
这样试浪费多少时间啊?
建议将纯化产物连到T载体上测序,根据测序序列设计特异引物,第一扩增效率上去了,第二背景清楚,心里有数了,第三针对性地选择高效率的酶。
做分子实验往往最浪费钱的事是想省钱,最浪费时间的事是想省时间。
生命不息,探索不止。
6楼2011-11-14 21:28:17
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