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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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geniusew

金虫 (小有名气)

[求助] 分子建模问题

我想请问一下啊,为什么我分子建模的时候,分子里面有c=s键,然后进行能量最小化minimizer计算,但是无法计算,而我去掉分子里面的c=s键就可以计算了,我想请教一下,有c=s键的时候该如何建模

[ Last edited by ghcacj on 2011-10-19 at 19:31 ]
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
geniusew(金币+2): 2011-10-20 23:09:01
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-10-21 18:48:26
我只知道amber有个antechamber模块用来拟合力场参数,
charmm的貌似比较麻烦,
6楼2011-10-20 12:10:03
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liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者

“无法计算”是什么意思,可以吧具体的出错信息贴出来,这样我们才好回答啊,呵呵

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没有雨伞的孩子只能奔跑!
2楼2011-10-19 18:22:25
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geniusew

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by liqingwen at 2011-10-19 18:22:25:
“无法计算”是什么意思,可以吧具体的出错信息贴出来,这样我们才好回答啊,呵呵

具体的就是分子中只要有c=s键就会显示,及时建立最简单的有c=s
键的模型也不行~~错误报告如附图所示

显示错误的报告



最简单的模型

3楼2011-10-19 22:18:13
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
geniusew(金币+2): 2011-10-19 22:34:57
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-10-20 09:39:40
估计是没有C=S键的力场参数吧,
如果真是这样,可能需要自己拟合了,才能进行计算。
4楼2011-10-19 22:33:18
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