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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子建模问题
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geniusew

金虫 (小有名气)

[求助] 分子建模问题

我想请问一下啊，为什么我分子建模的时候，分子里面有c=s键，然后进行能量最小化minimizer计算，但是无法计算，而我去掉分子里面的c=s键就可以计算了，我想请教一下，有c=s键的时候该如何建模

[ Last edited by ghcacj on 2011-10-19 at 19:31 ]
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1楼 2011-10-19 17:25:40
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
geniusew(金币+2): 2011-10-20 23:09:01
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-10-21 18:48:26
我只知道amber有个antechamber模块用来拟合力场参数，
charmm的貌似比较麻烦，
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6楼2011-10-20 12:10:03
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liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者
“无法计算”是什么意思，可以吧具体的出错信息贴出来，这样我们才好回答啊，呵呵
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geniusew
没有雨伞的孩子只能奔跑！
2楼2011-10-19 18:22:25
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geniusew

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by liqingwen at 2011-10-19 18:22:25:
“无法计算”是什么意思，可以吧具体的出错信息贴出来，这样我们才好回答啊，呵呵

具体的就是分子中只要有c=s键就会显示，及时建立最简单的有c=s
键的模型也不行~~错误报告如附图所示

显示错误的报告



最简单的模型
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3楼2011-10-19 22:18:13
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
geniusew(金币+2): 2011-10-19 22:34:57
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-10-20 09:39:40
估计是没有C=S键的力场参数吧，
如果真是这样，可能需要自己拟合了，才能进行计算。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-10-19 22:33:18
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