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geniusew

金虫 (小有名气)

[求助] 分子建模问题

我想请问一下啊，为什么我分子建模的时候，分子里面有c=s键，然后进行能量最小化minimizer计算，但是无法计算，而我去掉分子里面的c=s键就可以计算了，我想请教一下，有c=s键的时候该如何建模

[ Last edited by ghcacj on 2011-10-19 at 19:31 ]
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1楼 2011-10-19 17:25:40
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liqingwen

木虫 (正式写手)

独行者
“无法计算”是什么意思，可以吧具体的出错信息贴出来，这样我们才好回答啊，呵呵
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geniusew
没有雨伞的孩子只能奔跑！
2楼2011-10-19 18:22:25
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geniusew

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by liqingwen at 2011-10-19 18:22:25:
“无法计算”是什么意思，可以吧具体的出错信息贴出来，这样我们才好回答啊，呵呵

具体的就是分子中只要有c=s键就会显示，及时建立最简单的有c=s
键的模型也不行~~错误报告如附图所示

显示错误的报告



最简单的模型
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3楼2011-10-19 22:18:13
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
geniusew(金币+2): 2011-10-19 22:34:57
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-10-20 09:39:40
估计是没有C=S键的力场参数吧，
如果真是这样，可能需要自己拟合了，才能进行计算。
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4楼2011-10-19 22:33:18
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geniusew

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2011-10-19 22:33:18:
估计是没有C=S键的力场参数吧，
如果真是这样，可能需要自己拟合了，才能进行计算。

那怎么拟合呢？我从来没有拟合过这个，都是直接画出键的~~
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5楼2011-10-19 22:35:46
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
geniusew(金币+2): 2011-10-20 23:09:01
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-10-21 18:48:26
我只知道amber有个antechamber模块用来拟合力场参数，
charmm的貌似比较麻烦，
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6楼2011-10-20 12:10:03
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happyzyf

铜虫 (小有名气)
您好！
我现在在尝试用MS里面的COMPASS力场优化一个含有C=S的分子。优化之后，C=S双键总会断掉。不论我是设定C=S之间为双键还是我指定S的forcefild type是双键，C=S双键都会断掉。请问您当时是怎么解决的啊? 多谢！
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7楼2016-12-30 22:00:54
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