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新虫 (初入文坛)

[求助] 兼并引物PCR连T载体后,怎么鉴定有没有连上

我用简并引物扩一段未知序列,扩出来后连T载体,怎么鉴定有没有连上呢,不能用简并引物去扩吧,酶切的话不知道目的序列的酶切位点情况,只能选几个试试 ,但效果都不理想啊,这一时半会也不知上哪去找通用引物,怎么办呢,急!
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空谷幽风

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, EPI+1): 学习了! 2011-07-22 11:56:58
关于没连上的问题:
(1)确定你扩增片段时是用的Taq酶而不是高保真的pfu之类的酶,原因你懂得
(2)PCR片段扩完后一定要割胶回收后再拿去做连接
(3)如果连转做的不熟的话建议看一下我在小木虫上发的帖子http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2311683
关于酶切位点的问题:你酶切的目的是把T载体切成线性,跑胶看大小?难道你不知道T载体本身就是线性的!如果你做TA克隆的时候也把载体切完后用过的我就明白你为什么连转不成功了(T载体是直接可以拿来用的!)
a?,c??ae~?a,EURc§?c?μé-,cs,,a‘?é?“i1/4?i1/4?i1/4?i1/4?
12楼2011-07-22 10:37:01
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空谷幽风

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


1949stone(金币+1): 继续鼓励 2011-07-23 01:37:56
引用回帖:
Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2011-07-22 18:33:01:
至于跑胶要多少,得取决于样品有多少,但至少在电泳的时候5纳克看起来是很清楚的。

5ng是不是能看清楚要看EB是什么时候加的以及条带的大小,如果EB是在配胶的时候加进去的,那么在跑电泳的时候,EB的泳动方向与DNA泳动方向是相反的,如果条带比较小的话,5ng的量是不容易看清楚的。mark最亮的一条带一般是20ng/ul,其余的是10ng/ul,可以自己想象一下,如果mark上样量是1ul的话,一般的带是10ng的量,最小的那条带是不是很弱?
a?,c??ae~?a,EURc§?c?μé-,cs,,a‘?é?“i1/4?i1/4?i1/4?i1/4?
16楼2011-07-22 20:17:07
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空谷幽风

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

1949stone: 我要把你的和冼亮淀粉酶 整理下 发个帖子 2011-07-23 01:38:28
引用回帖:
Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2011-07-22 21:43:28:
EB是有毒物质,我们实验室从不把它加到电泳槽里,只设置专门的染缸来染色,染缸放置在黑暗密闭处。建议你也别把EB放在开放的地方。

条带的大小跟显影亮度无关,有关的只是含量。即使条带很大,达到10kb,含 ...

理论上讲条带亮度是跟质量(比如几ng)成线性关系的,这一点是毋庸置疑的,但是由于EB的泳动结果使EB在胶中的含量成递减的状态,所以实际结果是由此而显得越靠近点样孔的地方越亮,如果你是个细心的人,从mark的条带能看出区别的(mark中有一条最的带,其余的带的质量都相同)

还有冼亮淀粉酶朋友给你的解释很专业,我也看了之后很有收获!
a?,c??ae~?a,EURc§?c?μé-,cs,,a‘?é?“i1/4?i1/4?i1/4?i1/4?
18楼2011-07-22 23:06:23
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