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295249857

新虫 (初入文坛)

[求助] 与16S克隆文库有关的问题

现在本人在做矿土的16S细菌克隆文库的构建,但由于微生物少,第一次用27F,1492R矿不出来,所以想做巣式PCR从中间再找对引物扩,大家帮帮忙,提供对细菌16S通用引物啊,能建库的。
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, EPI+1): 厉害 2011-07-22 12:19:03
引用回帖:
Originally posted by 295249857 at 2011-07-21 22:19:56:
现在本人在做矿土的16S细菌克隆文库的构建,但由于微生物少,第一次用27F,1492R矿不出来,所以想做巣式PCR从中间再找对引物扩,大家帮帮忙,提供对细菌16S通用引物啊,能建库的。

27F,1492R就要啊。再做一次PCR就OK了,没有必要再找个中间引物。
如果非要用中间引物,那就用799F和1378R扩增600bp的片段。
338F 518R扩增200bp的片段。
3楼2011-07-22 08:44:00
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

★ ★
dhd997(金币+2): 辛苦啊 2011-07-22 08:18:30
在你等引物的时间里,你能不能试一下模板设置几个梯度?有时候模板浓度也是影响PCR产物浓度的,我试过一个菌高浓度和低浓度都没有产物,但是中间浓度就有了,不过是ITS不是16S。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
2楼2011-07-22 07:26:09
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295249857

新虫 (初入文坛)

模板浓度也做过梯度没扩出来。先用27F/1492R扩,再用它对第一次产物扩,也试过扩不出来。偏偏做DGGE用GC968、1401F对27F/1492R的第一次产物扩有条带(但27F/1492R的第一次产物跑电泳时没条带),这是为什么啊
4楼2011-07-25 23:31:55
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