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295249857

新虫 (初入文坛)

[求助] 与16S克隆文库有关的问题

现在本人在做矿土的16S细菌克隆文库的构建，但由于微生物少，第一次用27F,1492R矿不出来，所以想做巣式PCR从中间再找对引物扩，大家帮帮忙，提供对细菌16S通用引物啊，能建库的。
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1楼 2011-07-21 22:19:56
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
★ ★
dhd997(金币+2): 辛苦啊 2011-07-22 08:18:30
在你等引物的时间里，你能不能试一下模板设置几个梯度？有时候模板浓度也是影响PCR产物浓度的，我试过一个菌高浓度和低浓度都没有产物，但是中间浓度就有了，不过是ITS不是16S。
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
2楼2011-07-22 07:26:09
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, EPI+1): 厉害 2011-07-22 12:19:03
引用回帖:
Originally posted by 295249857 at 2011-07-21 22:19:56:
现在本人在做矿土的16S细菌克隆文库的构建，但由于微生物少，第一次用27F,1492R矿不出来，所以想做巣式PCR从中间再找对引物扩，大家帮帮忙，提供对细菌16S通用引物啊，能建库的。

27F,1492R就要啊。再做一次PCR就ＯＫ了，没有必要再找个中间引物。
如果非要用中间引物，那就用799F和1378R扩增600bp的片段。
338F 518R扩增200bp的片段。
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3楼2011-07-22 08:44:00
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295249857

新虫 (初入文坛)
模板浓度也做过梯度没扩出来。先用27F/1492R扩，再用它对第一次产物扩，也试过扩不出来。偏偏做DGGE用GC968、1401F对27F/1492R的第一次产物扩有条带（但27F/1492R的第一次产物跑电泳时没条带），这是为什么啊
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4楼2011-07-25 23:31:55
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