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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于NAMD处理蛋白配体复合物的结果的疑问
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crispsoft

金虫 (小有名气)

[求助] 关于NAMD处理蛋白配体复合物的结果的疑问

各位高手：
我用AMBER处理了一个蛋白-配体复合物（对接后的结果），加氢加水加离子中和后生成了相应的top和crd文件并在NAMD中将我做的体系分别做了两万步约束优化，两万步放开优化，一万步升温，四百万步平衡，结果最后小分子跑到了离蛋白很远的地方（而不是停留在对接位点附近）。
请问这是怎么回事啊？
难道这种结合是不对的？

期待您的指教。
谢谢。
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1楼 2011-04-25 21:29:44
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hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 77qa at 2018-04-21 02:49:55
请问NAMD做模拟时，配体小分子的拓扑文件怎么做？...

用gromacs或者NAMD，其小分子top文件确实是个问题。gromacs的话我还大致会，NAMD我也没弄成功过。
后来不怎么跑动力学，有时跑也是用商业软件，所以就没动力再研究下去了。

发自小木虫Android客户端
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8楼2018-04-21 08:45:09
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-26 12:20:11
NAMD or AMBER ??
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
2楼2011-04-26 09:03:58
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crispsoft

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2011-04-26 09:03:58:
NAMD or AMBER ??

在AMBER中生成蛋白-小分子复合物的参数（生成top文件和crd文件），然后在NAMD中调用并执行了MD（因为NAMD处理小分子比较麻烦）
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3楼2011-04-26 09:30:23
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娇桥

新虫 (初入文坛)
我想问问amber 软件里面top和crd 怎么生成啊，我在Windows系统下下载了amber，里面都是一些文件，安装的教程里面也只有linux 系统的
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4楼2017-12-19 21:12:18
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