| 查看: 2221 | 回复: 7 | ||
crispsoft金虫 (小有名气)
|
[求助]
关于NAMD处理蛋白配体复合物的结果的疑问
|
|
各位高手： 我用AMBER处理了一个蛋白-配体复合物（对接后的结果），加氢加水加离子中和后生成了相应的top和crd文件并在NAMD中将我做的体系分别做了两万步约束优化，两万步放开优化，一万步升温，四百万步平衡，结果最后小分子跑到了离蛋白很远的地方（而不是停留在对接位点附近）。 请问这是怎么回事啊？ 难道这种结合是不对的？ 期待您的指教。 谢谢。 |
回复此楼» 猜你喜欢
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有7人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有8人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有10人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
厉娜
已经有6人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有10人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有8人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 正相色谱使用时的一些疑问
已经有3人回复
- 请问哪位高手用琼脂糖电泳跑过蛋白？
已经有10人回复
- 测量方法与结果的准确度（正确度与精密度），实验室质量控制
已经有114人回复
- 已取得基因反向测序结果，要先如何处理再上blast比对？
已经有4人回复
- 如何验证RNA是否与蛋白质发生相互作用？
已经有8人回复
- 请教一个关于测序结果的问题
已经有19人回复
- 福林酚法测定蛋白酶活力出现问题了
已经有11人回复
- Bio-rad蛋白电泳的问题请教，有图，希望有经验者多多指教！
已经有27人回复
- 过带his标签的蛋白时镍柱上样后颜色变棕色是怎么回事
已经有17人回复
- 蛋白纯化怎么去除核酸
已经有14人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【求助/交流】关于蛋白浓度测定
已经有5人回复
- 【求助】请问怎样除去蛋白质复合物上已经结合上的配体和小分子？
已经有7人回复
superdirac
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 4269.5
- 散金: 33
- 红花: 2
- 帖子: 536
- 在线: 287.5小时
- 虫号: 522969
- 注册: 2008-03-12
- 专业: 理论和计算化学
2楼2011-04-26 09:03:58
crispsoft
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1338.1
- 散金: 11
- 帖子: 76
- 在线: 82.5小时
- 虫号: 628150
- 注册: 2008-10-16
- 专业: 合成药物化学
3楼2011-04-26 09:30:23
4楼2017-12-19 21:12:18
hclwonder
新虫 (正式写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 2564.1
- 红花: 28
- 帖子: 371
- 在线: 68.2小时
- 虫号: 2837657
- 注册: 2013-11-30
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
5楼2017-12-19 21:43:29
6楼2018-04-19 18:06:09
7楼2018-04-21 02:49:55
hclwonder
新虫 (正式写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 2564.1
- 红花: 28
- 帖子: 371
- 在线: 68.2小时
- 虫号: 2837657
- 注册: 2013-11-30
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
|
用gromacs或者NAMD，其小分子top文件确实是个问题。gromacs的话我还大致会，NAMD我也没弄成功过。 后来不怎么跑动力学，有时跑也是用商业软件，所以就没动力再研究下去了。 发自小木虫Android客户端 |
8楼2018-04-21 08:45:09
