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crispsoft金虫 (小有名气)
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关于NAMD处理蛋白配体复合物的结果的疑问
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各位高手： 我用AMBER处理了一个蛋白-配体复合物（对接后的结果），加氢加水加离子中和后生成了相应的top和crd文件并在NAMD中将我做的体系分别做了两万步约束优化，两万步放开优化，一万步升温，四百万步平衡，结果最后小分子跑到了离蛋白很远的地方（而不是停留在对接位点附近）。 请问这是怎么回事啊？ 难道这种结合是不对的？ 期待您的指教。 谢谢。 |
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用gromacs或者NAMD，其小分子top文件确实是个问题。gromacs的话我还大致会，NAMD我也没弄成功过。 后来不怎么跑动力学，有时跑也是用商业软件，所以就没动力再研究下去了。 发自小木虫Android客户端 |
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