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crispsoft

金虫 (小有名气)

[求助] 关于NAMD处理蛋白配体复合物的结果的疑问

各位高手:
我用AMBER处理了一个蛋白-配体复合物(对接后的结果),加氢加水加离子中和后生成了相应的top和crd文件并在NAMD中将我做的体系分别做了两万步约束优化,两万步放开优化,一万步升温,四百万步平衡,结果最后小分子跑到了离蛋白很远的地方(而不是停留在对接位点附近)。
请问这是怎么回事啊?
难道这种结合是不对的?

期待您的指教。
谢谢。
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crispsoft

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2011-04-26 09:03:58:
NAMD or AMBER ??

在AMBER中生成蛋白-小分子复合物的参数(生成top文件和crd文件),然后在NAMD中调用并执行了MD(因为NAMD处理小分子比较麻烦)
3楼2011-04-26 09:30:23
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查看全部 8 个回答

superdirac

木虫 (正式写手)

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-26 12:20:11
NAMD or AMBER ??
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
2楼2011-04-26 09:03:58
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娇桥

新虫 (初入文坛)

我想问问amber 软件里面top和crd 怎么生成啊,我在Windows系统下下载了amber,里面都是一些文件,安装的教程里面也只有linux 系统的
4楼2017-12-19 21:12:18
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hclwonder

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 娇桥 at 2017-12-19 21:12:18
我想问问amber 软件里面top和crd 怎么生成啊,我在Windows系统下下载了amber,里面都是一些文件,安装的教程里面也只有linux 系统的

应该要在Linux系统下

发自小木虫Android客户端
5楼2017-12-19 21:43:29
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