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【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
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 为活跃本版气氛，加强本版专业实力， 分子模拟板块将于2011年4月25日---2011年4月29日举行“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动 活动主题：“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动 活动内容： 活动涉及内容包括经典/第一性原理分子动力学，Monte-Carlo，分子力学等方法的基本原理，相关软件或代码（如Discover-Studio，sybyl，autodock，Gromacs，NAMD，amber，CHARMM，LAMMPS，materials studio，DL_POLY,XMD,Materials-Explorer，CPMD 及其他数据可视化软件VMD,atomeye,xmovie,pymol等）的使用模拟出现的问题及各种资源共享，以及它们在纳米材料，表面/界面，块体材料和溶液，高分子，生物体系中的实际应用。 欢迎熟悉其中一个或多个方面的虫子参与本次活动。 活动形式：采用现场提问，现场解答的形式，活动结束后，将做出此活动专辑，形成一份PDF文件，供虫子们下载，活动结束后将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“并给予适当金币奖赏。 奖励办法：500金币做为此活动奖赏，无论提问或是回答都得奖赏，只要回帖就领金币，提问奖1-3个金币，回答奖5-10个金币，对于经典回帖，经典解答，视情况分子模拟板块将再加奖赏金币，活动将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“。 [ Last edited by ghcacj on 2011-4-25 at 09:25 ] |
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2楼2011-04-25 09:27:16
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御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:39:08
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御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:39:08
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顶lz 我有个问题困扰了我半个月了。 非晶态淬火的相关问题。 比如非晶碳。 文献上说“液相--快淬”制非晶。 我用discover操作，不能改变键的配位，不能断键、成键。 所以用Dmol3来做，可是里面不知道怎么淬火！具体怎么操作。 Dmol3里的dynamics只有一个温度选项。而且计算非常慢。怎么淬火？ （1）Dmol3要成键，段键，改变配位，怎样设置参数？ （2）Dmol3怎样淬火？是否先用discover淬火，然后用Dmol3成键？ |
3楼2011-04-25 09:37:14
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 分享资源重奖，欢迎再来 2011-04-25 09:46:01
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御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 分享资源重奖，欢迎再来 2011-04-25 09:46:01
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原帖地址http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3119236&pid=118825&page=1#pid118825 中国矿业大学分子模拟【个人认为很经典额】课件 对照ms的discover模块，很容易上手， 各种原理，各种解释。 新手必备，老鸟提高必备！ 能让人形成系统的知识体系！ 废话不多说，上连接，总共11个文件 下载链接无需注册，直接下载，方便虫子们！ 1、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872882.html 2、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872883.html 3、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872884.html 4、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872888.html 5、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872889.html 6、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872998.html 7、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873001.html 8、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873002.html 9、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872999.html 10、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873000.html 11、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873019.html 附送MS castep 计算化学高级教程 、中国石油大学+创腾培训.pdf http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873015.html http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873018.html |
4楼2011-04-25 09:41:37
5楼2011-04-25 09:49:04
6楼2011-04-25 09:54:03
7楼2011-04-25 10:02:52
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 提问奖赏 2011-04-25 12:19:30
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 提问奖赏 2011-04-25 12:19:30
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这是复合物配体正确的坐标 HETATM 2623 C4 FER A 169 9.641 10.138 14.603 1.00 45.97 C HETATM 2624 C5 FER A 169 8.912 11.273 14.280 1.00 44.51 C HETATM 2625 C6 FER A 169 8.154 11.294 13.124 1.00 43.93 C HETATM 2626 C3 FER A 169 9.632 9.050 13.778 1.00 44.28 C HETATM 2627 C2 FER A 169 8.891 9.061 12.564 1.00 45.02 C HETATM 2628 C1 FER A 169 8.120 10.211 12.261 1.00 44.03 C HETATM 2629 C10 FER A 169 10.437 7.399 15.544 1.00 44.04 C HETATM 2630 C7 FER A 169 7.314 10.472 11.052 1.00 44.58 C HETATM 2631 C8 FER A 169 7.861 11.594 10.595 1.00 41.32 C HETATM 2632 C9 FER A 169 7.751 12.575 9.506 1.00 32.64 C HETATM 2633 O1 FER A 169 7.071 12.505 8.551 1.00 36.22 O HETATM 2634 O2 FER A 169 8.448 13.554 9.605 1.00 30.47 O HETATM 2635 O4 FER A 169 10.381 10.070 15.758 1.00 47.92 O HETATM 2636 O3 FER A 169 10.410 7.999 14.226 1.00 48.42 O 这是对接后配体坐标 HETATM 1 C 0 3.265 15.861 8.883 0.00 0.00 0.099 A HETATM 2 C 0 2.378 15.883 7.803 0.00 0.00 0.040 A HETATM 3 C 0 2.690 15.245 6.605 0.00 0.00 0.014 A HETATM 4 C 0 4.481 15.174 8.743 0.00 0.00 0.102 A HETATM 5 C 0 4.782 14.541 7.540 0.00 0.00 0.051 A HETATM 6 C 0 3.906 14.555 6.435 0.00 0.00 -0.033 A HETATM 7 O 0 2.997 16.490 10.083 0.00 0.00 -0.358 OA HETATM 8 H 0 3.803 16.440 10.620 0.00 0.00 0.218 HD HETATM 9 O 0 5.415 15.160 9.766 0.00 0.00 -0.353 OA HETATM 10 C 0 6.402 14.141 9.652 0.00 0.00 0.210 C HETATM 11 C 0 4.287 13.865 5.199 0.00 0.00 0.018 C HETATM 12 C 0 4.993 14.348 4.162 0.00 0.00 0.085 C HETATM 13 C 0 5.326 13.517 2.905 0.00 0.00 0.198 C HETATM 14 O 0 4.407 13.416 2.053 0.00 0.00 -0.645 OA HETATM 15 O 0 6.492 13.045 2.906 0.00 0.00 -0.645 OA 明显差别较大，我看了构象，对接后配体平躺着。这该怎么处理？请指教 |
8楼2011-04-25 10:29:26
9楼2011-04-25 10:37:32
10楼2011-04-25 10:56:52
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zh1987hs(金币+10): 谢谢 2011-04-26 14:28:01
zh1987hs(金币+10): 谢谢 2011-04-26 14:28:01
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例一 units metal # 单位为lammps 中的metel 类型 boundary p p p # 周期性边界条件 atom_style atomic # 原子模式 lattice fcc 3.61 # Cu 的晶格常数3.61 region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小 create_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的盒子 create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子 pair_style eam # 选取 Cu 的EAM 势作为模型 pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 势文件名称 run 0 # 运行0 步，仅为启动lammps 的热力学数据计算 variable E equal pe # 定义变量 E 为系统总势能 variable N equal atoms # 定义变量 N 为系统总原子数 print "the number of atoms & system energy now are $N $E" # 打印信息 create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 # 在该位置插入一个原子 min_style sd # 能量最小化模式，sd minimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 # 能量最小化参数，指数越大最小化程度越深 print "interstitial introduced, minimized: $N atoms, energy is $E" fix 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt 系综，原子数、体积和温度保持不变;T=100K timestep 0.005 # 步长 0.005fs run 1000 # 运行 1000 步 print "nvt performed, temperature up: $N atoms, total energy is $E" fix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt 系综，温度由100K 到0.0001K run 1000 # 运行 1000 步 print "nvt performed, temperature down: $N atoms, total energy is $E" compute 3 all pe/atom # 计算每个原子的势能 compute 4 all ke/atom # 计算每个原子的动能 compute 5 all coord/atom 3.0 # 计算每个原子的近邻原子数 dump 1 all custom 1 dump.atom id xs ys zs c_3 c_4 c_5 # 将信息写入dump.atom min_style sd minimize 1.0e-12 1.0e-12 10000 10000 # 再次能量最小化 print "the final state: $N atoms, total energy is $E" # 打印信息 ~ 例二 boundary p s s # 边界条件，拉伸方向是周期性，其余是自由边界；如果是薄膜拉伸则是两个周期性，块体则是三个周期性 units metal #单位制定义为metal atom_style atomic #原子类型自动 neighbor 2.0 bin #截断半径相关的东西 neigh_modifydelay 1 check yes # 邻近原子列表更新速度 #create geometry lattice fcc 3.61 # 定义晶胞为fcc，晶格常数3.61A region box block 0 30 0 3 0 3 #定义一个长方体区域叫box，长30，宽和高是3 create_box 1 box #创建了这样一个box create_atoms 1 box #在box里创建了一种原子 mass 1 63.546 #定义这种原子的质量是63.546 # potentials pair_style eam # 定义势函数是EAM pair_coef * * Cu_u3.eam #势所需要的参数在此文件里 #define groups region 1 block INF 1 INF INF INF INF # 定义了一个叫1的区域 group left region 1 #定义此区域里的原子叫left region 2 block 29 INF INF INF INF INF #定义了一个叫2的区域 group right region 2 #定义此区域里的原子叫right group boundary union left right #定义left+ right = boundary group mobile subtract all left # 定义mobile= all - left # initialvelocities velocity left set 0.0 0.0 0.0 # 设置原子初速度为0 computep all pressure thermo_temp # 计算应力，计算结果记为p variable pressx equal c_p[1] #定义变量pressx=c_p[1],c_p[1]的意思是p里第一个值 variable pressy equal c_p[2] #定义变量pressy=c_p[2],c_p[2]的意思是p里第二个值 variable pressz equal c_p[3] #定义变量pressz=c_p[3],c_p[3]的意思是p里第三个值 thermo_style custom step temp etotal press v_pressx v_pressy v_pressz vol dump 1 all atom 1000 dump.tensile # 输出结果到dump.tensile minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000 # 驰豫 fix 1 left setforce 0.0 NULL NULL #固定左边的原子 fix 2 all npt 1.0 1.0 1.0 aniso 0.0 0.0 NULL NULL NULL NULL 10.0 drag 1.0 thermo 1000 # 每1000步输出一次结果 timestep 0.002 #时间步长0.002ps run 10000 #运行10000步 unfix2 fix 3 all nve fix 4 all temp/rescale 100 1.0 1.0 5 1.0 fix 5 all deform 1000 x erate 0.002 units box #设置沿x方向拉伸，应变率为0.002(1/ps) compute s all stress/atom #计算每个原子上的应力，计算结果记为s compute strea all reduce sum c_s[1] #将s里第一个值求和，计算结果记为strea variable stressa equal c_strea/vol # 定义变量stressa= strea/vol, vol是体积 compute streb all reduce sum c_s[2] variable stressb equalc_streb/vol compute strec all reduce sum c_s[3] variable stressc equal c_strec/vol thermo_style custom step tempetotal press v_stressa v_stressb v_stressc vol run 300000 |
11楼2011-04-25 11:02:36
12楼2011-04-25 11:02:47
13楼2011-04-25 11:04:21
14楼2011-04-25 11:18:55
15楼2011-04-25 11:52:19
16楼2011-04-25 12:14:02
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-25 15:16:15
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御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-25 15:16:15
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原帖位置http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3078961 不知道大家是否有做过像Gay-Berne potential那种跟分子方向和距离有关的site-site potential model 的模拟。对于这种非中心对称的两体作用势一般是怎么做截断的呢？又是如何做截断修正的呢？ Lennard-Jones球对称势截断以后通过从截断半径到无穷远积分就可以了，可是如果分子不是球形的，比如是椭球状或者棒状，一般要怎么处理呢？？ —————————————————— 目前我的处理方法和文献上看到的差不多，就是在4sigma长度处截断，但是没有做尾部修正，但是还是觉得这样做不是太准确，因为周期边界条件来实现体系无穷粒子的时候这个尾部势还是理论上不应忽略的。。 |
17楼2011-04-25 12:18:18
18楼2011-04-25 12:20:48
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御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-25 15:16:44
御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-25 15:16:44
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再在问一个。。NPT-MC模拟里面体积移动和位置移动的比例Frenkel和Smit在understanding Molecules Simulation 那本书里建议是1:N （N是格子中的分子数），他们说是体积移动的运算量通常是位置移动的N倍(非标度计算体积运动前后的总能量)，因而为保证马尔柯夫链的对称性所以采取这个比例。 然而从我自己的测试看，即是比例是1：1对结果也没太明显的影响，所以我想请问这个比例是必然只能如此的吗，马尔柯夫链的对称性又是什么意思，印象中只听说过细致平衡的对称性。。 |
19楼2011-04-25 12:26:13
20楼2011-04-25 12:43:37
21楼2011-04-25 12:45:48
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御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-25 15:18:28
御剑江湖(金币+3): 提问奖赏 2011-04-25 15:18:28
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我在写上一个问题的过程中又想到了一个问题，为了有人回复时的方便，我又开一楼吧，如有不便请见谅。 用NPT-MC模拟Argon或者说LJ流体的时候，我发现临界温度以下的模拟结果挺依赖于模拟的初始密度的，当初始密度为0.5时对应于某个外压平衡时的密度与初始密度为0.01平衡时得到的相差很远，按道理MC通常都不应有初值依赖性的，请问这是为何呢？  另外，当我设置初始密度为0.01，温度为T=0.78，粒子数N=200，p=0.05（均为reduced unit），模拟会发现系统先平衡在约为0.07的密度，然后当模拟继续至200000个MC步后密度会突然增至0.24，然后稳定下来，有点像发生了一个一阶相变，但是这个相变怎么看都觉得奇怪，快照上看又觉得不像是成核了（为了方便观察，我把实时结果进行了每隔5000个MC步平均一次的操作）。  具体见附件的图。 [ Last edited by mr.sad on 2011-4-25 at 14:16 ] |
22楼2011-04-25 12:48:05
23楼2011-04-25 12:51:31
24楼2011-04-25 13:38:04
25楼2011-04-25 14:07:18
26楼2011-04-25 14:14:08
27楼2011-04-25 14:25:31
28楼2011-04-25 14:47:13
29楼2011-04-25 14:48:19
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分子模拟版块从今天起举行一个星期的“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动，在各位空闲之余期待各位去活动帖从大伙解答问题，除了解答后有金币重奖，活动结束后，我们将做出此活动专辑，形成一份本活动PDF文件，供虫子们下载，活动将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“。 详见：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3119249&fpage=1 |
30楼2011-04-25 15:38:09
31楼2011-04-25 15:39:15
32楼2011-04-25 16:04:47
33楼2011-04-25 16:32:26
34楼2011-04-25 17:36:41
35楼2011-04-25 17:43:37
36楼2011-04-25 18:08:09
37楼2011-04-25 18:15:15
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 分享资源奖 2011-04-25 21:55:08
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 分享资源奖 2011-04-25 21:55:08
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刚从网上搜到的，大家看看 CPMD：是一个Car-Parrinello 分子动力学程序包 很长一段时间以来，一直有人在问BOMD与CPMD究竟有什么不同?这里我就简单说一些二者的区别。 实际上，我想大部分人理解和接触的第一原理分子动力学方法以CPMD居多。CPMD，就是Car和Parrinello两个人作出的基于密度泛函的分子动力学方法，其特点是在引入电子虚拟质量，将电子运动耦合到了运动方程中，每一步分子动力学计算后，对电子结构的计算就不再需要自洽场迭代这一过程，因此可以大大节省计算资源，在计算机还不是那么好的80，90年代是弥足珍贵的。CPMD的建立开创了第一原理分子动力学方法的新时代，使其真正开始了实用化进程。 而BOMD，顾名思义，就是Born-Oppenheimer分子动力学。Born-Oppenheimer近似，也就是绝热近似，指的是将电子和离子的求解分离开来，只处理离子的动力学部分，而认为电子可以快速跟上电子的运动。其特点是每一步分子动力学计算之后都需要对电子结构进行自洽场迭代，使电子达到基态。正式由于这个自洽场迭代过程需要的计算量巨大，致使其一直没有达到广泛运用，直到90年代中后期，计算机技术的发展，才使BOMD开始逐步被人们重视。 CPMD和BOMD各有优劣。CPMD虽然计算速度更快，不需要进行自洽场迭代计算，计算量小，但是由于计算中并没有使体系真正达到基态，而只是尽量靠近基态，因此其准确性对电子的虚拟质量这个参数的选取依赖程度很大，一旦计算参数不对，得到的体系很可能远远偏离真实的势能面，得不到正确的动力学轨迹。同时，为了保证其尽量靠近基态，分子动力学时间步长一般选得较小。而BOMD虽然计算量大，但是由于每一步都保证系统达到基态，因此其分子动力学步长可以取得较大，一般1fs到5fs都有可能。综合来说，如果能结合二者的优势，第一原理分子动力学计算效率将大大提高，这也成为近年来其发展的重要方向。 官网：http://www.cpmd.org/ 简介： What is CPMD ? The CPMD code is a plane wave/pseudopotential implementation of Density Functional Theory, particularly designed for ab-initio molecular dynamics. Its first version was developed by Jurg Hutter at IBM Zurich Research Laboratory starting from the original Car-Parrinello codes. During the years many people from diverse organizations contributed to the development of the code and of its pseudopotential library: Michele Parrinello, Jurg Hutter, D. Marx, P. Focher, M. Tuckerman, W. Andreoni, A. Curioni, E. Fois, U. Roetlisberger, P. Giannozzi, T. Deutsch, A. Alavi, D. Sebastiani, A. Laio, J. VandeVondele, A. Seitsonen, S. Billeter and others. The current version, 3.13, is copyrighted jointly by IBM Corp and by Max Planck Institute, Stuttgart, and is distributed free of charge to non-profit organizations ( see download ). Profit organizations interested at the code should contact us . CPMD runs on many different computer architectures and it is well parallelized (MPI and Mixed MPI/SMP). CPMD main characteristics works with norm conserving or ultrasoft pseudopotentials LDA, LSD and the most popular gradient correction schemes; free energy density functional implementation isolated systems and system with periodic boundary conditions; k-points molecular and crystal symmetry wavefunction optimization: direct minimization and diagonalization geometry optimization: local optimization and simulated annealing molecular dynamics: constant energy, constant temperature and constant pressure path integral MD response functions excited states many electronic properties time-dependent DFT (excitations, molecular dynamics in excited states) coarse-grained non-Markovian metadynamics CPMD 是一个Car-Parrinello 分子动力学程序包。它也基于平面波赝势框架，支持模守恒和超软两种赝势。CPMD 软件中包括自由能密度泛函、路径积分分子动力学和meta-dynamics 等方法。它可以计算响应函数、激发态和其他许多电子性质。 |
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zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-04-26 14:26:42
zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-04-26 14:26:42
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要单独制作一个UserControl,这个控件里面是由多个Panel组合而成的。 在加载这个控件的窗口要有一个专门的控制组件，该组件记录边栏的状态，如隐藏、左停靠、右停靠、下停靠等。根据控件自己的点击事件来设置控件的Dock属性。 控件内部的分割，可用多个按钮加多个Panel进行设计，内部要根据VS的设计接口编辑Designer来实现所见即所得的编辑。 如果嫌麻烦，也可以直接使用DevExpress控件库，该库里面包含你所展示的窗口的所有功能，而且还支持换肤。可以省去很多不必要的时间。 |
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