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【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
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 为活跃本版气氛，加强本版专业实力， 分子模拟板块将于2011年4月25日---2011年4月29日举行“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动 活动主题：“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动 活动内容： 活动涉及内容包括经典/第一性原理分子动力学，Monte-Carlo，分子力学等方法的基本原理，相关软件或代码（如Discover-Studio，sybyl，autodock，Gromacs，NAMD，amber，CHARMM，LAMMPS，materials studio，DL_POLY,XMD,Materials-Explorer，CPMD 及其他数据可视化软件VMD,atomeye,xmovie,pymol等）的使用模拟出现的问题及各种资源共享，以及它们在纳米材料，表面/界面，块体材料和溶液，高分子，生物体系中的实际应用。 欢迎熟悉其中一个或多个方面的虫子参与本次活动。 活动形式：采用现场提问，现场解答的形式，活动结束后，将做出此活动专辑，形成一份PDF文件，供虫子们下载，活动结束后将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“并给予适当金币奖赏。 奖励办法：500金币做为此活动奖赏，无论提问或是回答都得奖赏，只要回帖就领金币，提问奖1-3个金币，回答奖5-10个金币，对于经典回帖，经典解答，视情况分子模拟板块将再加奖赏金币，活动将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“。 [ Last edited by ghcacj on 2011-4-25 at 09:25 ] |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 提问奖赏 2011-04-25 12:19:30
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 提问奖赏 2011-04-25 12:19:30
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这是复合物配体正确的坐标 HETATM 2623 C4 FER A 169 9.641 10.138 14.603 1.00 45.97 C HETATM 2624 C5 FER A 169 8.912 11.273 14.280 1.00 44.51 C HETATM 2625 C6 FER A 169 8.154 11.294 13.124 1.00 43.93 C HETATM 2626 C3 FER A 169 9.632 9.050 13.778 1.00 44.28 C HETATM 2627 C2 FER A 169 8.891 9.061 12.564 1.00 45.02 C HETATM 2628 C1 FER A 169 8.120 10.211 12.261 1.00 44.03 C HETATM 2629 C10 FER A 169 10.437 7.399 15.544 1.00 44.04 C HETATM 2630 C7 FER A 169 7.314 10.472 11.052 1.00 44.58 C HETATM 2631 C8 FER A 169 7.861 11.594 10.595 1.00 41.32 C HETATM 2632 C9 FER A 169 7.751 12.575 9.506 1.00 32.64 C HETATM 2633 O1 FER A 169 7.071 12.505 8.551 1.00 36.22 O HETATM 2634 O2 FER A 169 8.448 13.554 9.605 1.00 30.47 O HETATM 2635 O4 FER A 169 10.381 10.070 15.758 1.00 47.92 O HETATM 2636 O3 FER A 169 10.410 7.999 14.226 1.00 48.42 O 这是对接后配体坐标 HETATM 1 C 0 3.265 15.861 8.883 0.00 0.00 0.099 A HETATM 2 C 0 2.378 15.883 7.803 0.00 0.00 0.040 A HETATM 3 C 0 2.690 15.245 6.605 0.00 0.00 0.014 A HETATM 4 C 0 4.481 15.174 8.743 0.00 0.00 0.102 A HETATM 5 C 0 4.782 14.541 7.540 0.00 0.00 0.051 A HETATM 6 C 0 3.906 14.555 6.435 0.00 0.00 -0.033 A HETATM 7 O 0 2.997 16.490 10.083 0.00 0.00 -0.358 OA HETATM 8 H 0 3.803 16.440 10.620 0.00 0.00 0.218 HD HETATM 9 O 0 5.415 15.160 9.766 0.00 0.00 -0.353 OA HETATM 10 C 0 6.402 14.141 9.652 0.00 0.00 0.210 C HETATM 11 C 0 4.287 13.865 5.199 0.00 0.00 0.018 C HETATM 12 C 0 4.993 14.348 4.162 0.00 0.00 0.085 C HETATM 13 C 0 5.326 13.517 2.905 0.00 0.00 0.198 C HETATM 14 O 0 4.407 13.416 2.053 0.00 0.00 -0.645 OA HETATM 15 O 0 6.492 13.045 2.906 0.00 0.00 -0.645 OA 明显差别较大，我看了构象，对接后配体平躺着。这该怎么处理？请指教 |
8楼2011-04-25 10:29:26
2楼2011-04-25 09:27:16
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:39:08
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:39:08
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顶lz 我有个问题困扰了我半个月了。 非晶态淬火的相关问题。 比如非晶碳。 文献上说“液相--快淬”制非晶。 我用discover操作，不能改变键的配位，不能断键、成键。 所以用Dmol3来做，可是里面不知道怎么淬火！具体怎么操作。 Dmol3里的dynamics只有一个温度选项。而且计算非常慢。怎么淬火？ （1）Dmol3要成键，段键，改变配位，怎样设置参数？ （2）Dmol3怎样淬火？是否先用discover淬火，然后用Dmol3成键？ |
3楼2011-04-25 09:37:14
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 分享资源重奖，欢迎再来 2011-04-25 09:46:01
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 分享资源重奖，欢迎再来 2011-04-25 09:46:01
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原帖地址http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3119236&pid=118825&page=1#pid118825 中国矿业大学分子模拟【个人认为很经典额】课件 对照ms的discover模块，很容易上手， 各种原理，各种解释。 新手必备，老鸟提高必备！ 能让人形成系统的知识体系！ 废话不多说，上连接，总共11个文件 下载链接无需注册，直接下载，方便虫子们！ 1、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872882.html 2、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872883.html 3、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872884.html 4、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872888.html 5、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872889.html 6、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872998.html 7、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873001.html 8、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873002.html 9、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872999.html 10、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873000.html 11、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873019.html 附送MS castep 计算化学高级教程 、中国石油大学+创腾培训.pdf http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873015.html http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873018.html |
4楼2011-04-25 09:41:37
