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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

[交流] 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”





为活跃本版气氛，加强本版专业实力，
分子模拟板块将于2011年4月25日---2011年4月29日举行“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动


活动主题：“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动

活动内容：
活动涉及内容包括经典/第一性原理分子动力学，Monte-Carlo，分子力学等方法的基本原理，相关软件或代码（如Discover-Studio，sybyl，autodock，Gromacs，NAMD，amber，CHARMM，LAMMPS，materials studio，DL_POLY,XMD,Materials-Explorer，CPMD 及其他数据可视化软件VMD,atomeye,xmovie,pymol等）的使用模拟出现的问题及各种资源共享，以及它们在纳米材料，表面/界面，块体材料和溶液，高分子，生物体系中的实际应用。
欢迎熟悉其中一个或多个方面的虫子参与本次活动。

活动形式：采用现场提问，现场解答的形式，活动结束后，将做出此活动专辑，形成一份PDF文件，供虫子们下载，活动结束后将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“并给予适当金币奖赏。

奖励办法：500金币做为此活动奖赏，无论提问或是回答都得奖赏，只要回帖就领金币，提问奖1-3个金币，回答奖5-10个金币，对于经典回帖，经典解答，视情况分子模拟板块将再加奖赏金币，活动将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“。

[ Last edited by ghcacj on 2011-4-25 at 09:25 ]
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1楼 2011-04-25 09:17:41
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 提问奖赏 2011-04-25 12:19:30
这是复合物配体正确的坐标
HETATM 2623  C4  FER A 169       9.641  10.138  14.603  1.00 45.97           C  
HETATM 2624  C5  FER A 169       8.912  11.273  14.280  1.00 44.51           C  
HETATM 2625  C6  FER A 169       8.154  11.294  13.124  1.00 43.93           C  
HETATM 2626  C3  FER A 169       9.632   9.050  13.778  1.00 44.28           C  
HETATM 2627  C2  FER A 169       8.891   9.061  12.564  1.00 45.02           C  
HETATM 2628  C1  FER A 169       8.120  10.211  12.261  1.00 44.03           C  
HETATM 2629  C10 FER A 169      10.437   7.399  15.544  1.00 44.04           C  
HETATM 2630  C7  FER A 169       7.314  10.472  11.052  1.00 44.58           C  
HETATM 2631  C8  FER A 169       7.861  11.594  10.595  1.00 41.32           C  
HETATM 2632  C9  FER A 169       7.751  12.575   9.506  1.00 32.64           C  
HETATM 2633  O1  FER A 169       7.071  12.505   8.551  1.00 36.22           O  
HETATM 2634  O2  FER A 169       8.448  13.554   9.605  1.00 30.47           O  
HETATM 2635  O4  FER A 169      10.381  10.070  15.758  1.00 47.92           O  
HETATM 2636  O3  FER A 169      10.410   7.999  14.226  1.00 48.42           O
这是对接后配体坐标
HETATM    1  C           0       3.265  15.861   8.883  0.00  0.00     0.099 A
HETATM    2  C           0       2.378  15.883   7.803  0.00  0.00     0.040 A
HETATM    3  C           0       2.690  15.245   6.605  0.00  0.00     0.014 A
HETATM    4  C           0       4.481  15.174   8.743  0.00  0.00     0.102 A
HETATM    5  C           0       4.782  14.541   7.540  0.00  0.00     0.051 A
HETATM    6  C           0       3.906  14.555   6.435  0.00  0.00    -0.033 A
HETATM    7  O           0       2.997  16.490  10.083  0.00  0.00    -0.358 OA
HETATM    8  H           0       3.803  16.440  10.620  0.00  0.00     0.218 HD
HETATM    9  O           0       5.415  15.160   9.766  0.00  0.00    -0.353 OA
HETATM   10  C           0       6.402  14.141   9.652  0.00  0.00     0.210 C
HETATM   11  C           0       4.287  13.865   5.199  0.00  0.00     0.018 C
HETATM   12  C           0       4.993  14.348   4.162  0.00  0.00     0.085 C
HETATM   13  C           0       5.326  13.517   2.905  0.00  0.00     0.198 C
HETATM   14  O           0       4.407  13.416   2.053  0.00  0.00    -0.645 OA
HETATM   15  O           0       6.492  13.045   2.906  0.00  0.00    -0.645 OA
明显差别较大，我看了构象，对接后配体平躺着。这该怎么处理？请指教
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8楼2011-04-25 10:29:26
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yylazy

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:32:01
谁会用DS作分子轨道图形？能做吗
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2楼2011-04-25 09:27:16
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nihao000

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:39:08
顶lz
我有个问题困扰了我半个月了。

非晶态淬火的相关问题。

比如非晶碳。  文献上说“液相--快淬”制非晶。

我用discover操作，不能改变键的配位，不能断键、成键。
所以用Dmol3来做，可是里面不知道怎么淬火！具体怎么操作。

Dmol3里的dynamics只有一个温度选项。而且计算非常慢。怎么淬火？

（1）Dmol3要成键，段键，改变配位，怎样设置参数？
（2）Dmol3怎样淬火？是否先用discover淬火，然后用Dmol3成键？
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-04-25 09:37:14
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nihao000

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 分享资源重奖，欢迎再来 2011-04-25 09:46:01
原帖地址http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3119236&pid=118825&page=1#pid118825

中国矿业大学分子模拟【个人认为很经典额】课件

对照ms的discover模块，很容易上手，
各种原理，各种解释。

新手必备，老鸟提高必备！

能让人形成系统的知识体系！

废话不多说，上连接，总共11个文件
下载链接无需注册，直接下载，方便虫子们！

1、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872882.html
2、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872883.html
3、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872884.html
4、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872888.html
5、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872889.html
6、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872998.html
7、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873001.html
8、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873002.html
9、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872999.html
10、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873000.html
11、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873019.html



附送MS castep 计算化学高级教程 、中国石油大学+创腾培训.pdf
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873015.html
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873018.html
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4楼2011-04-25 09:41:37
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