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ouczhouyi

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】加水后 碳纳米管不见了(已解决) 已有3人参与

用bay版主提供的脚本生成的pdb和psf文件(8,8)length 2.7nm ,在管子的两端加入水,solvate加水时,出现警告,但加水成功。重新将加水的pdb和psf文件导入VMD,显示窗口只有两端的水,没有碳纳米管。向大家请求解决办法,谢谢!
Warnning: failed to set coordinate for atom C CNT:122
                            ........
Warnning: failed to set coordinate for atom C CNT:351

[ Last edited by ouczhouyi on 2011-4-14 at 20:08 ]
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zyj8119

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by ouczhouyi at 2011-04-14 15:07:23:
用bay版主提供的脚本生成的pdb和psf文件(8,8)length 2.7nm ,在管子的两端加入水,solvate加水时,出现警告,但加水成功。重新将加水的pdb和psf文件导入VMD,显示窗口只有两端的水,没有碳纳米管。向大家请求解 ...

怎么解决的?希望能分享一下经验。。。。
好好学习,天天向上。
2楼2011-04-24 16:37:56
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by ouczhouyi at 2011-04-14 15:07:23:
用bay版主提供的脚本生成的pdb和psf文件(8,8)length 2.7nm ,在管子的两端加入水,solvate加水时,出现警告,但加水成功。重新将加水的pdb和psf文件导入VMD,显示窗口只有两端的水,没有碳纳米管。向大家请求解 ...

近期我版在做活动,去本主题提问,会有很多牛牛会详细回答你,谢谢。
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莫问前尘事,只怜今世缘,承临纵横风,御剑凡尘路,蹉跎浮华,嬉笑洒脱。
3楼2011-04-25 09:30:16
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ouczhouyi

铜虫 (初入文坛)

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-26 12:18:01
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-04-24 16:37:56:
怎么解决的?希望能分享一下经验。。。。

是psf文件中缺失了 segment
用$sel set segname []
   $sel  writepsf  []  
   $sel  writepdb []
  就可以了
4楼2011-04-26 10:12:52
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mileyfan

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by ouczhouyi at 2011-04-26 10:12:52
是psf文件中缺失了 segment
用$sel set segname []
   $sel  writepsf  []  
   $sel  writepdb []
  就可以了...

楼主你好,我也遇到了这个问题。
抱歉还是没有明白您的解决方法是什么意思,可否再解释下或者能有个范例就太好了!
十分感谢!!!
5楼2016-01-02 23:52:01
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