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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】加水后 碳纳米管不见了（已解决）
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ouczhouyi

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】加水后 碳纳米管不见了（已解决） 已有3人参与

用bay版主提供的脚本生成的pdb和psf文件（8,8）length 2.7nm ，在管子的两端加入水，solvate加水时，出现警告，但加水成功。重新将加水的pdb和psf文件导入VMD，显示窗口只有两端的水，没有碳纳米管。向大家请求解决办法，谢谢！
Warnning: failed to set coordinate for atom C CNT:122
                            ........
Warnning: failed to set coordinate for atom C CNT:351

[ Last edited by ouczhouyi on 2011-4-14 at 20:08 ]
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1楼 2011-04-14 15:07:23
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mileyfan

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by ouczhouyi at 2011-04-26 10:12:52
是psf文件中缺失了 segment
用$sel set segname []
   $sel  writepsf  []  
   $sel  writepdb []
  就可以了...

楼主你好，我也遇到了这个问题。
抱歉还是没有明白您的解决方法是什么意思，可否再解释下或者能有个范例就太好了！
十分感谢！！！
赞一下 回复此楼
5楼2016-01-02 23:52:01
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by ouczhouyi at 2011-04-14 15:07:23:
用bay版主提供的脚本生成的pdb和psf文件（8,8）length 2.7nm ，在管子的两端加入水，solvate加水时，出现警告，但加水成功。重新将加水的pdb和psf文件导入VMD，显示窗口只有两端的水，没有碳纳米管。向大家请求解 ...

怎么解决的？希望能分享一下经验。。。。
赞一下(1人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
2楼2011-04-24 16:37:56
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by ouczhouyi at 2011-04-14 15:07:23:
用bay版主提供的脚本生成的pdb和psf文件（8,8）length 2.7nm ，在管子的两端加入水，solvate加水时，出现警告，但加水成功。重新将加水的pdb和psf文件导入VMD，显示窗口只有两端的水，没有碳纳米管。向大家请求解 ...

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赞一下(1人) 回复此楼
莫问前尘事，只怜今世缘，承临纵横风，御剑凡尘路，蹉跎浮华，嬉笑洒脱。
3楼2011-04-25 09:30:16
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ouczhouyi

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-26 12:18:01
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-04-24 16:37:56:
怎么解决的？希望能分享一下经验。。。。

是psf文件中缺失了 segment
用$sel set segname []
   $sel  writepsf  []  
   $sel  writepdb []
  就可以了
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-04-26 10:12:52
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