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【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
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 为活跃本版气氛，加强本版专业实力， 分子模拟板块将于2011年4月25日---2011年4月29日举行“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动 活动主题：“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动 活动内容： 活动涉及内容包括经典/第一性原理分子动力学，Monte-Carlo，分子力学等方法的基本原理，相关软件或代码（如Discover-Studio，sybyl，autodock，Gromacs，NAMD，amber，CHARMM，LAMMPS，materials studio，DL_POLY,XMD,Materials-Explorer，CPMD 及其他数据可视化软件VMD,atomeye,xmovie,pymol等）的使用模拟出现的问题及各种资源共享，以及它们在纳米材料，表面/界面，块体材料和溶液，高分子，生物体系中的实际应用。 欢迎熟悉其中一个或多个方面的虫子参与本次活动。 活动形式：采用现场提问，现场解答的形式，活动结束后，将做出此活动专辑，形成一份PDF文件，供虫子们下载，活动结束后将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“并给予适当金币奖赏。 奖励办法：500金币做为此活动奖赏，无论提问或是回答都得奖赏，只要回帖就领金币，提问奖1-3个金币，回答奖5-10个金币，对于经典回帖，经典解答，视情况分子模拟板块将再加奖赏金币，活动将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“。 [ Last edited by ghcacj on 2011-4-25 at 09:25 ] |
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5楼2011-04-25 09:49:04
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zh1987hs(金币+10): 谢谢 2011-04-26 14:28:01
zh1987hs(金币+10): 谢谢 2011-04-26 14:28:01
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例一 units metal # 单位为lammps 中的metel 类型 boundary p p p # 周期性边界条件 atom_style atomic # 原子模式 lattice fcc 3.61 # Cu 的晶格常数3.61 region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小 create_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的盒子 create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子 pair_style eam # 选取 Cu 的EAM 势作为模型 pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 势文件名称 run 0 # 运行0 步，仅为启动lammps 的热力学数据计算 variable E equal pe # 定义变量 E 为系统总势能 variable N equal atoms # 定义变量 N 为系统总原子数 print "the number of atoms & system energy now are $N $E" # 打印信息 create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 # 在该位置插入一个原子 min_style sd # 能量最小化模式，sd minimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 # 能量最小化参数，指数越大最小化程度越深 print "interstitial introduced, minimized: $N atoms, energy is $E" fix 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt 系综，原子数、体积和温度保持不变;T=100K timestep 0.005 # 步长 0.005fs run 1000 # 运行 1000 步 print "nvt performed, temperature up: $N atoms, total energy is $E" fix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt 系综，温度由100K 到0.0001K run 1000 # 运行 1000 步 print "nvt performed, temperature down: $N atoms, total energy is $E" compute 3 all pe/atom # 计算每个原子的势能 compute 4 all ke/atom # 计算每个原子的动能 compute 5 all coord/atom 3.0 # 计算每个原子的近邻原子数 dump 1 all custom 1 dump.atom id xs ys zs c_3 c_4 c_5 # 将信息写入dump.atom min_style sd minimize 1.0e-12 1.0e-12 10000 10000 # 再次能量最小化 print "the final state: $N atoms, total energy is $E" # 打印信息 ~ 例二 boundary p s s # 边界条件，拉伸方向是周期性，其余是自由边界；如果是薄膜拉伸则是两个周期性，块体则是三个周期性 units metal #单位制定义为metal atom_style atomic #原子类型自动 neighbor 2.0 bin #截断半径相关的东西 neigh_modifydelay 1 check yes # 邻近原子列表更新速度 #create geometry lattice fcc 3.61 # 定义晶胞为fcc，晶格常数3.61A region box block 0 30 0 3 0 3 #定义一个长方体区域叫box，长30，宽和高是3 create_box 1 box #创建了这样一个box create_atoms 1 box #在box里创建了一种原子 mass 1 63.546 #定义这种原子的质量是63.546 # potentials pair_style eam # 定义势函数是EAM pair_coef * * Cu_u3.eam #势所需要的参数在此文件里 #define groups region 1 block INF 1 INF INF INF INF # 定义了一个叫1的区域 group left region 1 #定义此区域里的原子叫left region 2 block 29 INF INF INF INF INF #定义了一个叫2的区域 group right region 2 #定义此区域里的原子叫right group boundary union left right #定义left+ right = boundary group mobile subtract all left # 定义mobile= all - left # initialvelocities velocity left set 0.0 0.0 0.0 # 设置原子初速度为0 computep all pressure thermo_temp # 计算应力，计算结果记为p variable pressx equal c_p[1] #定义变量pressx=c_p[1],c_p[1]的意思是p里第一个值 variable pressy equal c_p[2] #定义变量pressy=c_p[2],c_p[2]的意思是p里第二个值 variable pressz equal c_p[3] #定义变量pressz=c_p[3],c_p[3]的意思是p里第三个值 thermo_style custom step temp etotal press v_pressx v_pressy v_pressz vol dump 1 all atom 1000 dump.tensile # 输出结果到dump.tensile minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000 # 驰豫 fix 1 left setforce 0.0 NULL NULL #固定左边的原子 fix 2 all npt 1.0 1.0 1.0 aniso 0.0 0.0 NULL NULL NULL NULL 10.0 drag 1.0 thermo 1000 # 每1000步输出一次结果 timestep 0.002 #时间步长0.002ps run 10000 #运行10000步 unfix2 fix 3 all nve fix 4 all temp/rescale 100 1.0 1.0 5 1.0 fix 5 all deform 1000 x erate 0.002 units box #设置沿x方向拉伸，应变率为0.002(1/ps) compute s all stress/atom #计算每个原子上的应力，计算结果记为s compute strea all reduce sum c_s[1] #将s里第一个值求和，计算结果记为strea variable stressa equal c_strea/vol # 定义变量stressa= strea/vol, vol是体积 compute streb all reduce sum c_s[2] variable stressb equalc_streb/vol compute strec all reduce sum c_s[3] variable stressc equal c_strec/vol thermo_style custom step tempetotal press v_stressa v_stressb v_stressc vol run 300000 |
11楼2011-04-25 11:02:36
13楼2011-04-25 11:04:21
14楼2011-04-25 11:18:55
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分子模拟版块从今天起举行一个星期的“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动，在各位空闲之余期待各位去活动帖从大伙解答问题，除了解答后有金币重奖，活动结束后，我们将做出此活动专辑，形成一份本活动PDF文件，供虫子们下载，活动将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“。 详见：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3119249&fpage=1 |
30楼2011-04-25 15:38:09
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zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-04-26 14:26:42
zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-04-26 14:26:42
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要单独制作一个UserControl,这个控件里面是由多个Panel组合而成的。 在加载这个控件的窗口要有一个专门的控制组件，该组件记录边栏的状态，如隐藏、左停靠、右停靠、下停靠等。根据控件自己的点击事件来设置控件的Dock属性。 控件内部的分割，可用多个按钮加多个Panel进行设计，内部要根据VS的设计接口编辑Designer来实现所见即所得的编辑。 如果嫌麻烦，也可以直接使用DevExpress控件库，该库里面包含你所展示的窗口的所有功能，而且还支持换肤。可以省去很多不必要的时间。 |
45楼2011-04-25 22:01:08
51楼2011-04-26 12:06:18
57楼2011-04-26 16:39:59
58楼2011-04-26 16:40:22
59楼2011-04-26 16:41:46
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求文献 Tire Cornering Simulation Using an Explicit Finite Element Analysis Code http://tiresciencetechnology.org ... _s1?isAuthorized=no |
64楼2011-04-26 22:19:14
83楼2011-05-04 16:51:43