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【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
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 为活跃本版气氛，加强本版专业实力， 分子模拟板块将于2011年4月25日---2011年4月29日举行“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动 活动主题：“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动 活动内容： 活动涉及内容包括经典/第一性原理分子动力学，Monte-Carlo，分子力学等方法的基本原理，相关软件或代码（如Discover-Studio，sybyl，autodock，Gromacs，NAMD，amber，CHARMM，LAMMPS，materials studio，DL_POLY,XMD,Materials-Explorer，CPMD 及其他数据可视化软件VMD,atomeye,xmovie,pymol等）的使用模拟出现的问题及各种资源共享，以及它们在纳米材料，表面/界面，块体材料和溶液，高分子，生物体系中的实际应用。 欢迎熟悉其中一个或多个方面的虫子参与本次活动。 活动形式：采用现场提问，现场解答的形式，活动结束后，将做出此活动专辑，形成一份PDF文件，供虫子们下载，活动结束后将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“并给予适当金币奖赏。 奖励办法：500金币做为此活动奖赏，无论提问或是回答都得奖赏，只要回帖就领金币，提问奖1-3个金币，回答奖5-10个金币，对于经典回帖，经典解答，视情况分子模拟板块将再加奖赏金币，活动将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“。 [ Last edited by ghcacj on 2011-4-25 at 09:25 ] |
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zh1987hs(金币+10): 谢谢 2011-04-26 14:28:01
zh1987hs(金币+10): 谢谢 2011-04-26 14:28:01
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例一 units metal # 单位为lammps 中的metel 类型 boundary p p p # 周期性边界条件 atom_style atomic # 原子模式 lattice fcc 3.61 # Cu 的晶格常数3.61 region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小 create_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的盒子 create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子 pair_style eam # 选取 Cu 的EAM 势作为模型 pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 势文件名称 run 0 # 运行0 步，仅为启动lammps 的热力学数据计算 variable E equal pe # 定义变量 E 为系统总势能 variable N equal atoms # 定义变量 N 为系统总原子数 print "the number of atoms & system energy now are $N $E" # 打印信息 create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 # 在该位置插入一个原子 min_style sd # 能量最小化模式，sd minimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 # 能量最小化参数，指数越大最小化程度越深 print "interstitial introduced, minimized: $N atoms, energy is $E" fix 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt 系综，原子数、体积和温度保持不变;T=100K timestep 0.005 # 步长 0.005fs run 1000 # 运行 1000 步 print "nvt performed, temperature up: $N atoms, total energy is $E" fix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt 系综，温度由100K 到0.0001K run 1000 # 运行 1000 步 print "nvt performed, temperature down: $N atoms, total energy is $E" compute 3 all pe/atom # 计算每个原子的势能 compute 4 all ke/atom # 计算每个原子的动能 compute 5 all coord/atom 3.0 # 计算每个原子的近邻原子数 dump 1 all custom 1 dump.atom id xs ys zs c_3 c_4 c_5 # 将信息写入dump.atom min_style sd minimize 1.0e-12 1.0e-12 10000 10000 # 再次能量最小化 print "the final state: $N atoms, total energy is $E" # 打印信息 ~ 例二 boundary p s s # 边界条件，拉伸方向是周期性，其余是自由边界；如果是薄膜拉伸则是两个周期性，块体则是三个周期性 units metal #单位制定义为metal atom_style atomic #原子类型自动 neighbor 2.0 bin #截断半径相关的东西 neigh_modifydelay 1 check yes # 邻近原子列表更新速度 #create geometry lattice fcc 3.61 # 定义晶胞为fcc，晶格常数3.61A region box block 0 30 0 3 0 3 #定义一个长方体区域叫box，长30，宽和高是3 create_box 1 box #创建了这样一个box create_atoms 1 box #在box里创建了一种原子 mass 1 63.546 #定义这种原子的质量是63.546 # potentials pair_style eam # 定义势函数是EAM pair_coef * * Cu_u3.eam #势所需要的参数在此文件里 #define groups region 1 block INF 1 INF INF INF INF # 定义了一个叫1的区域 group left region 1 #定义此区域里的原子叫left region 2 block 29 INF INF INF INF INF #定义了一个叫2的区域 group right region 2 #定义此区域里的原子叫right group boundary union left right #定义left+ right = boundary group mobile subtract all left # 定义mobile= all - left # initialvelocities velocity left set 0.0 0.0 0.0 # 设置原子初速度为0 computep all pressure thermo_temp # 计算应力，计算结果记为p variable pressx equal c_p[1] #定义变量pressx=c_p[1],c_p[1]的意思是p里第一个值 variable pressy equal c_p[2] #定义变量pressy=c_p[2],c_p[2]的意思是p里第二个值 variable pressz equal c_p[3] #定义变量pressz=c_p[3],c_p[3]的意思是p里第三个值 thermo_style custom step temp etotal press v_pressx v_pressy v_pressz vol dump 1 all atom 1000 dump.tensile # 输出结果到dump.tensile minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000 # 驰豫 fix 1 left setforce 0.0 NULL NULL #固定左边的原子 fix 2 all npt 1.0 1.0 1.0 aniso 0.0 0.0 NULL NULL NULL NULL 10.0 drag 1.0 thermo 1000 # 每1000步输出一次结果 timestep 0.002 #时间步长0.002ps run 10000 #运行10000步 unfix2 fix 3 all nve fix 4 all temp/rescale 100 1.0 1.0 5 1.0 fix 5 all deform 1000 x erate 0.002 units box #设置沿x方向拉伸，应变率为0.002(1/ps) compute s all stress/atom #计算每个原子上的应力，计算结果记为s compute strea all reduce sum c_s[1] #将s里第一个值求和，计算结果记为strea variable stressa equal c_strea/vol # 定义变量stressa= strea/vol, vol是体积 compute streb all reduce sum c_s[2] variable stressb equalc_streb/vol compute strec all reduce sum c_s[3] variable stressc equal c_strec/vol thermo_style custom step tempetotal press v_stressa v_stressb v_stressc vol run 300000 |
11楼2011-04-25 11:02:36
2楼2011-04-25 09:27:16
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:39:08
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:39:08
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顶lz 我有个问题困扰了我半个月了。 非晶态淬火的相关问题。 比如非晶碳。 文献上说“液相--快淬”制非晶。 我用discover操作，不能改变键的配位，不能断键、成键。 所以用Dmol3来做，可是里面不知道怎么淬火！具体怎么操作。 Dmol3里的dynamics只有一个温度选项。而且计算非常慢。怎么淬火？ （1）Dmol3要成键，段键，改变配位，怎样设置参数？ （2）Dmol3怎样淬火？是否先用discover淬火，然后用Dmol3成键？ |
3楼2011-04-25 09:37:14
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 分享资源重奖，欢迎再来 2011-04-25 09:46:01
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 分享资源重奖，欢迎再来 2011-04-25 09:46:01
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原帖地址http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3119236&pid=118825&page=1#pid118825 中国矿业大学分子模拟【个人认为很经典额】课件 对照ms的discover模块，很容易上手， 各种原理，各种解释。 新手必备，老鸟提高必备！ 能让人形成系统的知识体系！ 废话不多说，上连接，总共11个文件 下载链接无需注册，直接下载，方便虫子们！ 1、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872882.html 2、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872883.html 3、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872884.html 4、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872888.html 5、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872889.html 6、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872998.html 7、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873001.html 8、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873002.html 9、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14872999.html 10、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873000.html 11、http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873019.html 附送MS castep 计算化学高级教程 、中国石油大学+创腾培训.pdf http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873015.html http://ishare.iask.sina.com.cn/f/14873018.html |
4楼2011-04-25 09:41:37