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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

[交流] 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”

为活跃本版气氛，加强本版专业实力，
分子模拟板块将于2011年4月25日---2011年4月29日举行“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动

活动主题：“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”活动

活动内容：
活动涉及内容包括经典/第一性原理分子动力学，Monte-Carlo，分子力学等方法的基本原理，相关软件或代码（如Discover-Studio，sybyl，autodock，Gromacs，NAMD，amber，CHARMM，LAMMPS，materials studio，DL_POLY,XMD,Materials-Explorer，CPMD 及其他数据可视化软件VMD,atomeye,xmovie,pymol等）的使用模拟出现的问题及各种资源共享，以及它们在纳米材料，表面/界面，块体材料和溶液，高分子，生物体系中的实际应用。
欢迎熟悉其中一个或多个方面的虫子参与本次活动。

活动形式：采用现场提问，现场解答的形式，活动结束后，将做出此活动专辑，形成一份PDF文件，供虫子们下载，活动结束后将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“并给予适当金币奖赏。

奖励办法：500金币做为此活动奖赏，无论提问或是回答都得奖赏，只要回帖就领金币，提问奖1-3个金币，回答奖5-10个金币，对于经典回帖，经典解答，视情况分子模拟板块将再加奖赏金币，活动将由分子模拟版主委员会及群众投票评出”十大星虫“。

[ Last edited by ghcacj on 2011-4-25 at 09:25 ]

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1楼 2011-04-25 09:17:41

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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+10): 谢谢 2011-04-26 14:28:01

例一

units metal # 单位为lammps 中的metel 类型
boundary p p p # 周期性边界条件
atom_style atomic # 原子模式
lattice fcc 3.61 # Cu 的晶格常数3.61
region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小
create_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的盒子
create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子
pair_style eam # 选取 Cu 的EAM 势作为模型
pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 势文件名称
run 0 # 运行0 步，仅为启动lammps 的热力学数据计算
variable E equal pe # 定义变量 E 为系统总势能
variable N equal atoms # 定义变量 N 为系统总原子数
print "the number of atoms & system energy now are $N $E" # 打印信息
create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 # 在该位置插入一个原子
min_style sd # 能量最小化模式，sd
minimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 # 能量最小化参数，指数越大最小化程度越深
print "interstitial introduced, minimized: $N atoms, energy is $E"
fix 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt 系综，原子数、体积和温度保持不变;T=100K
timestep 0.005 # 步长 0.005fs
run 1000 # 运行 1000 步
print "nvt performed, temperature up: $N atoms, total energy is $E"
fix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt 系综，温度由100K 到0.0001K
run 1000 # 运行 1000 步
print "nvt performed, temperature down: $N atoms, total energy is $E"
compute 3 all pe/atom # 计算每个原子的势能
compute 4 all ke/atom # 计算每个原子的动能
compute 5 all coord/atom 3.0 # 计算每个原子的近邻原子数
dump 1 all custom 1 dump.atom id xs ys zs c_3 c_4 c_5 # 将信息写入dump.atom
min_style sd
minimize 1.0e-12 1.0e-12 10000 10000 # 再次能量最小化
print "the final state: $N atoms, total energy is $E" # 打印信息
~

例二

boundary  p s s                                  # 边界条件，拉伸方向是周期性，其余是自由边界；如果是薄膜拉伸则是两个周期性，块体则是三个周期性
units    metal                                  #单位制定义为metal
atom_style  atomic                            #原子类型自动
neighbor 2.0 bin                                  #截断半径相关的东西
neigh_modifydelay 1 check yes          # 邻近原子列表更新速度

#create geometry
lattice fcc 3.61                               # 定义晶胞为fcc，晶格常数3.61A
region  box block 0 30 0 3 0 3             #定义一个长方体区域叫box，长30，宽和高是3
create_box 1 box                               #创建了这样一个box
create_atoms 1 box                            #在box里创建了一种原子
mass 1 63.546                               #定义这种原子的质量是63.546

# potentials
pair_style eam                                  # 定义势函数是EAM
pair_coef * * Cu_u3.eam                   #势所需要的参数在此文件里

#define groups
region    1 block INF 1 INF INF INF INF                # 定义了一个叫1的区域
group  left region 1                                                 #定义此区域里的原子叫left
region 2 block  29 INF INF INF INF INF                   #定义了一个叫2的区域
group right region 2                                              #定义此区域里的原子叫right
group boundary union left right                            #定义left+ right = boundary
group    mobile subtract all left                               # 定义mobile= all - left

# initialvelocities
velocity left set 0.0 0.0 0.0                                     # 设置原子初速度为0

computep all pressure thermo_temp    # 计算应力，计算结果记为p
variable pressx equal c_p[1]             #定义变量pressx=c_p[1],c_p[1]的意思是p里第一个值
variable pressy equal c_p[2]             #定义变量pressy=c_p[2],c_p[2]的意思是p里第二个值
variable pressz equal c_p[3]             #定义变量pressz=c_p[3],c_p[3]的意思是p里第三个值

thermo_style custom step temp etotal press v_pressx v_pressy v_pressz vol
dump 1 all atom 1000 dump.tensile                         #  输出结果到dump.tensile
minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000                         # 驰豫

fix 1 left setforce 0.0 NULL NULL                         #固定左边的原子
fix 2 all npt 1.0 1.0 1.0 aniso 0.0 0.0 NULL NULL NULL NULL 10.0 drag 1.0

thermo 1000                                                       # 每1000步输出一次结果
timestep 0.002                                                 #时间步长0.002ps
run  10000                                                          #运行10000步

unfix2
fix  3  all nve
fix  4  all temp/rescale 100 1.0 1.0 5 1.0
fix  5  all deform 1000 x erate 0.002 units box    #设置沿x方向拉伸，应变率为0.002(1/ps)

compute    s all stress/atom                         #计算每个原子上的应力，计算结果记为s
compute    strea all reduce sum c_s[1]          #将s里第一个值求和，计算结果记为strea
variable    stressa equal c_strea/vol             # 定义变量stressa= strea/vol, vol是体积
compute    streb all reduce sum c_s[2]
variable       stressb equalc_streb/vol
compute    strec all reduce sum c_s[3]
variable    stressc equal c_strec/vol

thermo_style custom step tempetotal press v_stressa  v_stressb v_stressc vol
run 300000

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11楼2011-04-25 11:02:36

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查看全部 83 个回答

yylazy

银虫 (小有名气)

模拟EPI: 3
应助: 0 (幼儿园)
金币: 520.4
帖子: 138
在线: 53.5小时
虫号: 880747

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:32:01

谁会用DS作分子轨道图形？能做吗

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2楼2011-04-25 09:27:16

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nihao000

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 只要提问就奖 2011-04-25 09:39:08

顶lz
我有个问题困扰了我半个月了。

非晶态淬火的相关问题。

比如非晶碳。文献上说“液相--快淬”制非晶。

我用discover操作，不能改变键的配位，不能断键、成键。
所以用Dmol3来做，可是里面不知道怎么淬火！具体怎么操作。

Dmol3里的dynamics只有一个温度选项。而且计算非常慢。怎么淬火？

（1）Dmol3要成键，段键，改变配位，怎样设置参数？
（2）Dmol3怎样淬火？是否先用discover淬火，然后用Dmol3成键？

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3楼2011-04-25 09:37:14

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